四、市民政局：负责指导各区县将符合条件的大中型水库非农移民及农转非安置移民中的困难家庭，纳入地方城镇居民最低生活保障范围；指导、推动扶贫济困等各项社会互助活动；加强移民安置区农村基层组织建设，充分发挥基层组织作用。
五、市委宣传部：负责水库移民后期扶持政策的舆论引导工作；指导、协调各新闻媒体对移民政策法规的宣传，严格报道口径，严肃宣传纪律。
六、市公安局：协调、指导地方公安机关做好库区和移民安置区社会治安秩序的维护工作；密切关注社会动态，防止移民安置区出现群体性事件；协调、指导地方公安机关做好移民群体性事件的预防和处置工作；配合做好移民人口核查工作；组织制定《南京市大中型水库移民突发事件应急处置预案》。
七、市监察局：监督领导小组各成员单位和各区县人民政府贯彻落实水库移民后期扶持政策情况；受理并调查处理国家机关工作人员在水库移民后期扶持政策落实工作中出现的违反行政纪律的行为；会同市财政局拟定《南京市大中型水库移民后期扶持监督检查和责任追究办法》。
八、市财政局：负责水库移民后期扶持基金的征缴协调以及使用管理工作；负责安排农业综合开发资金等政府性资金向库区和移民安置区倾斜；会同市发改委、市民政局、市水利局拟定《南京市大中型水库移民后期扶持资金征收使用管理办法》。
九、市劳动保障局：负责对移民劳动力就业技能培训和职业教育工作进行指导，并在制订促进农村富余劳动力开发、就业政策和措施时，把库区和移民安置区作为重点。
十、市国土资源局：指导、督促库区和移民安置区所在地政府依法做好相关的土地利用总体规划编制和实施，指导、监督库区和移民安置区所在地政府落实耕地及基本农田保护的各项措施；指导和监督涉及移民安置建设用地的管理，监督有关征地补偿安置措施的落实；组织协调指导和监督库区地质灾害的防治工作。
十一、市农林局：指导库区和移民安置区农业产业结构调整、农业资源配置、农业产品品质改善、农业教育和农业职业技能开发等工作，并在安排有关项目时向库区和移民安置区倾斜；负责将中央、省安排的支农资金优先用于改善库区和移民安置区生产生活条件。
