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（一）项目整合方式。各县、区政府制定项目建议书，明确具体项目内容，明确投资额、新增耕地面积、产业发展和农民增收目标，报市国土局审核。市国土局会同市财政局根据项目申报的数量、分布和全市资金安排计划等，择优选择项目，报市土委会审定后，作为年度开工项目。项目确定后，将整个项目分解为土地整理项目、宅基地整理项目、基础设施建设项目等若干子项目，并以土地整理项目或宅基地整理项目为统筹，其它项目同步推进的方式，按各类子项目的原审批渠道、原资金用途、原实施办法进行申报审批，实现整个项目统一推进。
（二）资金整合方式。项目实施经费从市级补助资金、各县政府配套资金、农民自筹资金和社会资本投入等多渠道解决。其中市级补助资金包括从市级留成的新增建设用地有偿使用费、耕地开垦费、土地出让金中按规定用于农业土地开发部分等安排的土地整理专项资金和市级支农整合的资金。市新农办会同市财政局负责牵头整合市级各项支农资金，各县、区政府要以分解后的各子项目为载体，积极争取国家和省等各级各类支农惠农资金，加大投入。
（三）补助资金标准和使用范围。农户拆旧建新部分，宅基地整理新增耕地每亩补助5万元，新增耕地面积以省国土厅批复为准。该项资金的使用应按国家、省、市的有关规定专款专用。各部门的支农资金按照“资金分配权和分配渠道不变、资金用途不变”的原则，配套跟进。三县项目资金不足部分由县配套资金补齐，各区项目资金由市统筹解决。农房拆迁补偿不低于当地拆迁补偿标准，对自愿放弃新宅基地、同时拆除旧房的农户今后不再安排宅基地，除按当地拆迁标准给予补偿外，将给予一定的奖励。
（四）工作经费。乡镇和村的工作补助经费，从土地整理专项资金中列支，控制在市补助资金总额的3 %以内，采取“实报实销”的方式，专项用于新村建设大比例尺基础图测绘、村庄规划设计、施工图设计、地质勘探等以及其它管理性支出。
（五）项目资金管理。市补助资金按合肥市土地及宅基地整理与新农村建设项目市级补助资金管理的相关规定执行。
（六）新增指标分配。通过土地及宅基地整理置换的建设用地指标由市土委会综合年度用地计划统筹安排用于城镇建设。为鼓励县加大资金投入，三县项目指标具体分配方法为：县实际投入资金按1：1.5（保质保量提前完成项目验收的按1：2）比例换算成县设定投入资金，再按市实际投入资金和县设定投入资金的比例分配置换的建设用地指标（计算公式见附件）。
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