新农合基金主要划分为门诊统筹基金、住院统筹基金和风险基金。门诊统筹基金可按当年筹集基金总额的30％设立，风险基金按当年筹集基金总额的10％设立，其余全部纳入住院统筹基金。门诊统筹基金包括普通门诊补偿金和孕产妇产前检查定额补偿金。住院统筹基金包括住院补偿金、特殊疾病补偿金和孕产妇住院分娩补偿金。
（二）提高参合农民住院补偿比例
各区县（自治县）要根据重庆市新型农村合作医疗管理办公室（以下简称市合管办）对主城区、拓展区、渝东北片区和渝东南片区2008年住院补偿比例测算结果，结合本地实际，科学合理地确定不同级别定点医疗机构住院起付线、封顶线和补偿比例。住院补偿比例要重点向基层定点医疗机构倾斜。相同片区内各区县（自治县）新农合住院补偿比例要基本一致。各片区住院补偿参考比例详见附件。
（三）合理使用门诊统筹基金
原则上门诊补偿比例设置为40％— 50％，人均门诊封顶线不超过40元／人·年。在门诊统筹基金的使用中要结合当地实际，合理设置产前检查资金所占比例。要积极引导参合农民到乡镇卫生院、村卫生室和社区卫生服务中心（站）就诊，有条件的区县（自治县）可逐步取消区县（自治县）级定点医疗机构普通门诊补偿。
（四）规范新农合二次补偿
一是当年新农合基金收支结余低于当年筹集资金15％的区县（自治县）不再进行二次补偿。二是当年新农合基金收支结余大于当年筹集资金15％的区县（自治县），可将超出15％的部分用于参合农民住院费用的二次补偿。三是二次补偿基金根据参合农民已发生的住院费用分段划分比例，尽可能减轻重大疾病患者家庭医药费用负担。四是在每个二次补偿段内，根据其住院自付医药费用所占权重确定二次补偿金额。五是开展二次补偿的区县（自治县）第二年应及时调整新农合实施方案，确保基金使用效率达到85％以上。
（五）进一步提高中医药在新农合中的补偿比例
为充分发挥中医药“简、便、廉、验”在新农合中的作用，促进中医药发展，各区县（自治县）可在新农合住院补偿比例基础上将中药饮片、经市食品药品监管局批准的院内中药制剂和中医适宜技术治疗费用的补偿比例提高10％，形成新农合制度与农村中医药、民族医药事业协调发展的局面。
（六）做好新农合制度与相关医疗保障制度和公共卫生服务的衔接
在新农合方案设计中要按照《
重庆市人民政府关于全面建立和完善城乡医疗救助制度的意见》（渝府发[2007]75号）、《
重庆市人民政府关于开展城乡居民合作医疗保险试点的指导意见》（渝府发[2007]113号）要求，加强部门配合，做好新农合与农村医疗救助制度、城乡居民合作医疗保险制度的衔接。新农合与城乡居民合作医疗保险必须分账核算。
