第十二条 重点实验室组建期限一般为3年，采取边组建、边运行的方式运作。
第十三条 依托单位于每年六月末和十二月末将阶段建设、运行情况向主管部门提交总结报告，经主管部门审核签署意见后报办公室。办公室将不定期对项目建设进展及运行情况进行检查督促。
第十四条 完成重点实验室建设任务，经过不少于三个月的试运行正常后，依托单位提出验收申请和项目建设总结以及各项管理制度，由办公室会同有关主管部门和专家根据《建设项目计划任务书》及《验收大纲》进行验收。经验收合格者，正式授予“云南省重点实验室”称号，并悬挂统一标志牌。
第十五条 对于逾期未完成建设任务者，办公室将视具体情况，采取必要措施作出调整，并追究有关人员的责任。
第四章 运行管理及考评
第十六条 重点实验室坚持求实创新的思想，实行“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，推进科技体制改革向前发展。
第十七条 重点实验室与依托单位、主管部门的行政隶属关系不变。在开展试验研究中，其科研业务和财务相对独立，经学术委员会会议商定并由领导班子采纳的，可以独立申报课题和对外合作签约，接受办公室和依托单位的双重领导。
第十八条 重点实验室设主任一名、副主任2─3名。主任由依托单位提名，报主管部门和办公室联合审定聘任，任期四年；副主任应专职实验室工作，由主任提名，报办公室和主管部门认可备案。主任、副主任应具有改革创新精神，有较高的学术技术水平，熟悉和了解本学科领域国内外的发展趋势，有较强的组织管理和协调能力。
第十九条 重点实验室应建立学术委员会，其主要职责是：审议重点实验室的研究方向；决定学术方面的重大事宜；审定重点实验室开放基金项目和其它课题；评估检查课题进展情况；组织学术交流、论文答辩、成果评审等。
学术委员会人数一般不超过15人。委员应由代表省内先进水平并在科研岗位上承担科研项目的专家为主，并吸收部分省外的知名专家组成。依托单位或联合建设的实验室各联合单位的科学家不应超过委员总数的二分之一。
