原则上不允许发生暂付款。如发生必须经财政、卫生部门共同认定，并及时清理，予以收回。
第三十七条 负债是指基金运行过程中发生借入的临时款项等。
原则上不允许发生暂收款。如发生必须经财政、卫生部门共同认定，并及时清理，予以归还。
第八章 基金决算
第三十八条 年度终了后，经办机构应根据财政部门规定的表式、时间和要求编制年度基金财务会计报告。财务会计报告包括会计报表、会计报表附注和基金收支情况分析说明书。基金收支情况分析说明书应附新型农村合作医疗基本数据表。
基金收支情况分析说明书主要分析和说明基金的财务收支及管理情况，对本期和下期基金收支发生重大影响的事项，以及其他需要分析和说明的事项。
经办机构应定期进行基金财务分析。财务分析的主要内容包括基金的筹集和使用情况、预算执行情况、基金财务管理情况等。财务分析的主要指标包括新型农村合作医疗人口覆盖率、结报率、大病补偿率等（指标计算口径附后）。
编制年度基金财务会计报告必须做到内容完整、数字真实、计算准确、手续完备、报送及时。
第三十九条 经办机构编制的年度基金财务会计报告应在规定期限内送卫生部门初审并汇总，报财政部门审核后，由农村合作医疗管理委员会批准。批准后的年度基金财务会计报告为基金决算。
第九章 监督检查
第四十条 经办机构应按照
财政部颁布的《内部会计控制规范--基本规范（试行）》的要求，建立健全内部控制制度，保障基金规范、有序运行。同时，应定期或不定期公布基金收支和结余情况，接受社会监督。
第四十一条 财政、卫生、审计等部门要定期或不定期地对基金收支和结余情况进行监督检查，发现问题及时纠正，并向农村合作医疗管理委员会、监督委员会和统筹地区政府报告。
第四十二条 下列行为属于违规或违法行为：
（一）截留、挤占、挪用、贪污基金的；
（二）违反新型农村合作医疗管理制度，擅自变更支出项目、调整支出标准或不按规定支付合作医疗补偿支出的；
