第三十条 在保证基金支付和基金安全的条件下，经管理委员会批准，基金结余可用于国家债券投资或转存定期存款。任何地区、部门、单位或个人不得动用基金直接或间接地进行其他形式的投资运营。
第三十一条 基金当年正常性入不敷出时，按下列顺序弥补：
（一）动用历年结余；
（二）转让或提前变现国家债券投资；
（三）由经办机构提出申请，报管理委员会批准后，借入临时款项；
（四）其他可用以弥补的方式。
第六章 财政专户
第三十二条 财政专户是指统筹地区财政部门按规定设立的新型农村合作医疗基金专用计息账户。
财政专户的主要用途是：接收收入户缴入的资金（设收入户），接收参合农民缴费收入、集体经济扶持收入和政府资助收入（不设收入户），接收借入的临时款项，接收社会捐赠收入，接收该账户形成的利息收入等；根据经办机构的用款计划，向支出户划拨基金；偿还临时借款本息；购买国家债券和转存定期存款等。
第三十三条 政府资助收入由财政部门直接划入财政专户。市级财政对所辖县（市、区）安排的补助资金，具体划拨办法由各地自定。
第三十四条 财政专户发生的利息收入直接计入财政专户，财政部门依据银行出具的原始凭证记账，并将加盖专用印章的原始凭证复印件交经办机构记账和备查。
第三十五条 新型农村合作医疗风险基金要全部存入财政专户，任何单位和个人不得挪用和改变用途，也不得在试点县（市、区）之间调剂使用。
第七章 资产与负债
第三十六条 资产是指基金运行过程中形成的现金、银行存款（含财政专户存款、收入户存款、支出户存款）和债券投资等。
经办机构应严格遵守《
现金管理暂行条例》的规定，认真做好现金的收付和管理工作。经办机构应当按照财政部颁布的《内部会计控制规范──货币资金（试行）》的要求，建立健全现金和银行存款的内部控制制度。
经办机构应及时办理基金的存储手续，按月与开户银行、财政专户相互对账，保证账账、账款相符。
