各县市区对新农合基金要实行专户储存、封闭运行、专款专用，必须选择国有商业银行设立基金专户，并建立卫生、财政主管部门与代理银行、经办机构、定点医院之间监督约束机制，加强信息反馈与沟通，确保新农合基金正常运行。要强化审计部门定期对合作医疗基金实行年度审计制度，把基金筹集、运行、使用情况纳入市、县市区审计部门专项审计内容，有效防止基金的损失和透支风险。要简化医疗费用补偿报销手续，为农民报销医药费用提供方便、快捷的服务。要建立县市区、乡镇、村医药费用补偿三级公示制度，每月在县市区合管办、县、乡级定点医疗机构、乡镇和村部公示参合农民住院补偿情况，保证农民知情权和监督权。监察、财政、卫生、审计等部门要加强对新农合基金管理的监督检查，严肃查处违规行为。对发生的违规行为，要视其情节，对有关负责人和责任人给予党纪、政纪处分；情节严重的，要依法追究刑事责任。
三、合理分配基金 ， 科学制定分配方案
新农合基金要按照“大病统筹为主、收支平衡、略有结余”的原则进行分配。新农合医疗基金分为住院统筹基金、门诊统筹基金（家庭门诊账户基金）和风险基金。统筹基金是新农合基金的主体部分，所占比例原则上不低于新农合基金的 80%，也可将新农合基金全部用于统筹基金。统筹基金包括住院医疗基金和重、慢病大额门诊医疗基金，其中住院医疗基金占 85%，重、慢病大额门诊医疗基金占 15%。 2008年已设立家庭门诊账户的继续实行，用完为止； 2009年 1月 1日开始全市统一实行住院统筹（含住院分娩）加门诊统筹（含特殊慢病门诊）的统筹补偿模式，其中住院统筹占 80%，门诊统筹占 20%，不再设家庭门诊账户。风险基金的规模应当维持在年度基金总额的 12%左右，风险基金分年度按基金总额的 3-5%比例提取，基金结余较多的，应从结余基金中划转，风险基金储备达到规定规模的不再继续提取或划转。风险基金的使用必须报市合管办批准。年度统筹基金结余控制在 10%以内，国家政策明确规定由地方财政承担的相关公共卫生费用，包括计划免疫费用、重大传染病防治费用和开展疾病普查、筛查等费用不得在新农合基金中开支。
依据湖南省民政厅、财政厅、卫生厅《关于实施新型农村合作医疗中加强农村五保户、低保户基本医疗保障的意见》（湘卫合医发〔 2007〕 3号）文件精神，经民政部门审核发证并参加新农合的农村五保户、低保户人员，参加新农合的个人缴费，由农村医疗救助基金全额资助，可以享受新农合补助、医疗救助和定点医疗机构的减免优惠。
