对于安装自动监测设备的污染源以自动监测数据为依据申报化学需氧量和二氧化硫排放量。
对于未安装自动监测设备的污染源，由排污单位提供具备资质的监测单位出具的化学需氧量和二氧化硫监测数据，以此申报化学需氧量和二氧化硫排放量。
对于无法安装自动监测设备和不具备条件监测的污染源，二氧化硫和化学需氧量的排放量按环境统计方法计算，并向当地环保局申报。
第五条 当地环境保护主管部门对排污单位每月申报的化学需氧量和二氧化硫排放量进行核定，负责污染源监督性监测数据的质量和排放量的准确性和可靠性，并将核定结果告知排污单位。
对于安装自动监测设备的排污单位，监测设备必须与环境保护主管部门联网，实时传输数据，环境保护主管部门据此数据进行核定。
对未安装自动监测设备或自动监测设备没有与环境保护主管部门联网的污染源，环境保护主管部门定期对其进行手工监测，其中国控、省控污染源的监测频次不少于每季度一次，依此数据进行核定。
第六条 国控、省控重点污染源必须在2008年底前完成污染源自动监测设备的安装和验收。污染源自动监测设备的建设由排污单位负责，排污单位确因经费困难，可由各级政府财政负责，验收由省级环境保护主管部门负责，数据监测由企业负责，日常运营由有资质的运营单位负责。
国控、省控重点污染源自动监测设备的监测数据必须与省级环境保护主管部门联网，国控重点污染源自动监测数据经省级环境保护主管部门传输上报国家环境保护主管部门。
第七条 省级环境保护主管部门负责组织对污染源监督性监测的统一质量控制和考核，并组织不定期抽查工作。
县级环境保护主管部门负责对污染源自动监测系统的监测设备进行实验室比对监测和自动监测数据有效性审核。县级环境保护主管部门不具备实验室比对监测和监测数据有效性审核能力的由市级以上环境保护部门承担。市级环境保护主管部门负责对国控和省控污染源自动监测系统的监测设备进行实验室比对监测和自动监测数据有效性审核，其中省级环境保护主管部门负责对装机容量30万千瓦以上火电厂和市级城市污水处理厂污染源自动监测系统的监测设备进行实验室比对监测和自动监测数据有效性审核。实验室比对监测与自动监测设备同步现场采样，监测频次为每季度一次。
