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省科技厅：支持和组织太湖流域水环境综合治理的科技攻关、推广应用和示范工程建设。
省监察厅：加强行政监察，督促有关部门和市县政府切实履行职责，促进太湖流域水环境综合治理工作。
省财政厅：会同有关部门制订太湖流域水环境综合治理专项资金管理办法，加强监督管理，对符合条件的项目给予资金支持；安排领导小组办公室以及《实施方案》、《应急预案》和相关专项规划编制必要的工作经费。
省国土资源厅：支持解决列入《实施方案》的重点项目的建设用地；指导加强地面沉降防治工作。
省建设厅：组织、指导、监督城镇供水设施、城镇污水处理厂及配套管网、城乡生活垃圾收集处理系统的建设和运行管理；协同组织《应急预案》实施，加强源水、制水、供水监管，负责城镇供水安全保障工作。
省交通厅：组织、指导、监督航道疏浚、水上运输船舶污染防治；会同有关部门指导、监督和组织航道整治计划的实施。
省水利厅：组织、指导、协调流域水资源的配置调度、水源地建设、河道整治和小流域治理；协同组织《应急预案》实施，加强水源地水质保护和监测，负责农村饮用水安全保障和应急工作；指导监督地下水限采工作实施和备用井日常维护管理；负责联络水利部太湖流域管理局。
省农业厅：组织、指导、监督有关农业面源污染防治和生态农业等农村环保项目的实施。
省卫生厅：负责饮用水卫生、传染疾病的监测、预防和应急工作。
省林业厅：组织、指导、监督太湖湖滨带、主要河道两岸、平原地区绿化及安吉、临安等源头区域森林植被恢复和保护。
省工商局：配合做好产业结构调整和污染整治企业“关停并转迁”的有关工作。
省海洋与渔业局：组织、指导、监督水产养殖污染治理项目的实施，推广水产生态健康养殖模式。
省旅游局：组织、指导、监督旅游行业环境污染防治，配合做好有关工作。
省气象局：负责太湖流域特别是南太湖区域的气候气象分析、气温水温监测预报工作，定期提供太湖及周边水域的卫星遥感图像，在特定情况下组织人工增雨作业。
省信访局：负责群众有关来信来访的处置，协助做好社会稳定工作。
省物价局：组织研究并督促落实相关价格政策，促进太湖流域水环境综合治理工作。
省法制办：组织研究并提出依法治污和生态环境保护的规范化、法制化措施，配合做好有关工作。
省新闻办：组织开展太湖水环境综合治理新闻宣传，做好舆论引导工作，负责协调有关新闻发布工作。
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