（二）主管地税机关对申请办理自开票纳税人的企业，除了核对相关材料是否齐全，相关条件是否具备外，还应该深入实地开展调查，充分掌握纳税人的实际情况，不能仅就书面申请资料来进行认定。对认定为自开票纳税人的新办货运企业，主管税务机关要从严掌握，并加强对新办货运企业的纳税辅导。在辅导期内，对新办货运企业实行按次限量供票；辅导期结束后，税务机关对其在纳税辅导期内的实际经营、财务核算、发票使用和保管以及申报纳税等情况进行审查评估，再正常供票。
（三）认定为自开票纳税人的物流劳务单位开展物流业务应按其收入性质分别核算，利用自备车辆提供运输劳务取得的运输收入按“交通运输业”税目征收营业税并开具货物运输业发票；对利用其他单位和个人的车辆提供运输劳务等其他劳务收入按“服务业”税目征收营业税并开具服务业发票。凡未按规定分别核算其应税收入的，一律按“服务业”税目征收营业税。违反规定为其他单位和个人开具货物运输业发票的一律取消自开票纳税人资格。
（四）自发文之日起，对货物运输业自开票纳税人，在按规定期限申报预缴企业所得税时，全省统一对其货物运输业所得按10%应税所得率计算应纳税所得额，按33%的适用税率计算预缴企业所得税，年度终了进行汇算清缴。货物运输业自开票纳税人，在按规定进行企业所得税纳税申报时，所得税申报表仍以企业实际核算和国家的有关税收规定计算编报；对货物运输业单独计算预缴的企业所得税，缴库后在申报表的实际已缴纳所得税额一栏反映。
各级地税部门要加大对货物运输业自开票纳税人所得税监管力度，对营业收入增长变化较快的企业，特别是亏损的企业要及时掌握其收入变化原因，纳入税收重点监管范围，促进货物运输业税收管理的统一和规范，防止企业所得税税款流失。
（五）加强自开票纳税人认定的后续管理，强化日常监督和年审工作。对已取得自开票纳税人资格的单位，各级税务部门必须加强跟踪管理，凡弄虚作假骗取自开票资格、为其他单位或个人代开发票、不能按规定保管或使用发票、有偷逃税行为、不能按要求进行数据采集或报送资料的，一经查实，应立即取消其自开票纳税人资格。
四、规范代开票纳税人的管理
（一）主管地税机关应严格按规定代开发票。提供货物运输劳务的承包人、承租人或挂靠人，向其发包、出租或所挂靠单位机构所在地主管税务机关申报缴纳税款，其他提供货物运输劳务的个人向其运营车辆的车籍所在地主管税务机关申报缴纳税款，主管税务机关应按规定的管辖范围为纳税人代开发票，不得为外地车辆代开发票。承包人、承租人、挂靠人到税务机关代开发票时，统一使用出包方、出租方、被挂靠方的单位名称和纳税人识别号。税务机关填开完税证明时，“纳税人”栏必须填写承包人、承租人、挂靠人的名称，“备注”栏注明出包方、出租方、被挂靠方单位名称。对代开票纳税人单车一次开票金额超过2000元或开票情况异常的，要求提供货运有效证明。
