对出口企业发生主管征税机关变更事项的，出口企业应在税务登记变更之前首先按照规定程序变更出口退税认定事项，同时迁出局应及时将该出口企业应退（免）税款清理完毕后通知迁入局和出口企业并报告市级出口退税管理部门。
第七条 出口企业发生破产、解散、撤销以及其他依法应当终止退税事项的，须在向工商行政管理部门办理注销登记前，并在批准之日起三十日内向主管税务机关退税部门办理注销认定，交回原认定证件、资料。退税管理部门应及时通知征税管理部门，对出口企业的应退（免）税款、应补（退）税款进行清算后，征税管理部门出具调查报告，转出口退税管理部门办理出口企业退税认定注销手续，出口退税认定注销手续完成后方可办理其税务登记的注销手续。同时，按规定流程在出口退税审核系统、综合征管系统V2.0中将出口企业认定信息注销并按规定流转。
第四章 出口企业日常管理
第八条 出口企业于每月10日前向主管税务机关征税管理部门办理增值税纳税申报。纳税申报后，通过出口退税申报系统生成正式申报数据，打印有关报表，按要求装订后，生产企业于每月12日前向主管税务机关的退税管理部门办理“免、抵、退”税正式申报；外贸企业按照规定期限向主管税务机关的退税管理部门办理退税申报。对出口企业未按规定进行纳税申报的按《征管法》规定处理，对超过规定期限未进行退（免）税申报的予以征税。
第九条 生产企业当月发生并在财务上做销售的出口货物，应填写《生产企业出口自产货物（视同自产货物）确认表》，于次月10日前报送征税管理部门；征税管理部门要对其出口产品进行调查核实，并在《生产企业出口自产货物（视同自产货物）确认表》上签署确认意见后，于每月20日前报送退税管理部门。凡经调查核实属于非自产产品或非视同自产产品的，不得实行“免、抵、退”税，并按有关规定予以征税，由征税管理部门负责通知并监督企业计提销项税，办理增值税纳税申报，同时将处理情况反馈退税管理部门。
第十条 退税管理部门在审核出口企业的退（免）税资料时发现疑点，经企业举证、案头审核后仍不能排除疑点的，应转征税管理部门作进一步调查核实，管理部门应在规定的时限内，将调查核实情况书面反馈退税管理部门。
