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（二）现场检查阶段
即派员直接深入企业生产经营场所或货物存放地或与个人对证。进行现场检查，包括审核有关凭证、帐册、报表、合同、董事会纪要、工资证明等资料以及检查应纳税商品、货物或其他财产。具体工作有：
1.调查询问：
检查人员应争取被查企业领导、财会人员的支持配合，听取有关情况介绍。在此基础上，进一步询问了解企业与纳税或者代扣代缴、代收代缴税款有关的经营情况，认真做好各项笔录。
2.资料审核：
责成企业提供与纳税或者代扣代缴、代收代缴税款有关的文件、证明材料和有关资料，包括有关凭证、帐册、报表、合同等。通过审查核实，进行客观评价。
3.财产检查：
根据检查目的要求，到企业生产经营场所和货物存放地检查其应纳税商品、货物或其他财产，全面了解企业商品、货物进销结存等情况，并与有关凭证、帐册等相核对。
4.其他检查：
根据征管法有关规定和具体检查需要，对企业进行其他内容的检查。
5.填写检查记录：
根据检查税种所涉及内容，按照上述检查程序要求，参照所附《各主要税种检查内容和一般程序》进行检查过程中，要进行完整记录，完成《检查记录表》（见格式二-B，格式二-C，格式二-D），所得额审查期间还应填写《企业所得税检查表》（见格式三）。《检查记录表》每张表格均需由企业签章确认，有关原始凭证、单据等证明资料和原始调查笔录经企业签章确认后也应附于检查记录后。
（三）检查问题汇总及处理阶段：
1.分析定案：
检查人员完成对企业或个人的检查之后，必须依据《检查记录表》，《企业所得税检查表》对检查中发现的各类问题（分税种，按企业或个人）分别进行汇总、整理，并根据检查情况完成《税务检查报告》（见格式四-Ａ，格式四-Ｂ），通过分析检查中发现的问题，提出初步处理意见。同时，检查人员应将初步处理意见告知被查企业或个人，被查企业或个人如有异议，可书面陈述意见。
2.上报审批：
根据所查问题，填写《税务检查报告处理违章审批表》（见格式四-Ｃ），按照规定会签局内相关科室后，附《税务检查报告》和企业陈述意见书，报各区、县局、直属分局审批。
3.文书送达：
根据上报批复的结案处理意见，向被查企业或个人送达税务检查处理决定，有关格式按照京税征［1993］848号《印发本市部分统一格式税务文书的式样及其使用说明的通知》要求执行。所得额审查结束后，主管税务机关应向企业送达应纳税所得额审查结果通知（通知内容应包括：（1）经审查最后确认该公司应纳税所得额数额（2）具体需调整项目及其金额。（3）税务机关调整补（退）税处理意见）。被查企业或个人如对处理决定有异议，可在缴清税款后，于税法规定时间内申请复议。
4.监督调整：
为保证财务核算资料与税收管理资料的一致性，税务机关应在对企业进行检查处理后，监督企业补交偷漏税款和罚款，并对有关帐目及时进行调整。具体调整原则如下：
（1）本年度偷、漏税涉及的帐目，按照会计核算程序，调整本年度有关会计记录。
（2）上年度的偷、漏税涉及的帐目，可分别作以下调整：
在上年度会计报表、财务报表报编之前，直接调整上年度的会计记录；
在上年度会计报表、财务报表报编之后，直接通过财务成果帐户进行调整。
（3）以往年度的偷、漏税涉及的帐目、直接调整利润。
5.归档上报
按照市局制定的《关于文书立卷归档工作的规定》要求，税务机关在每次检查结束后，都要及时将有关资料整理归档，妥善保管。
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