四、经主管国税机关审核认定免税资格的国有粮油购销企业和经营免税项目的其他粮食经营企业，如同时经营免税粮油以外的其他应税货物，应分别核算免税粮油和其它应税货物的销售收入和进货成本，对未分别核算的一律征收增值税。
五、销售免税粮食且允许使用增值税专用发票的企业，仅指经主管国税机关审核认定免税资格的国有粮食购销企业。其他粮油经营企业销售财政部、国家税务总局财税字（1999）198号通知第二条所列的免税粮食和承担政府储备食用植物油任务的粮油购销企业销售的食用植物油一律不得开具增值税专用发票。
各区县国税局、直属分局应对享受免征增值税的国有粮食购销企业的增值税专用发票的领购、使用、结存等情况制定专门的管理办法，并定期进行检查。
六、增值税一般纳税人从国有粮食购销企业购进的免税粮食，依照国有粮食购销企业开具的增值税专用发票注明的税款抵扣进项税额，未取得增值税专用发票的，仍按现行增值税的有关规定，按买价依10％的扣除率计提进项税额。
七、粮油经营企业（一般纳税人），应对其1999年8月1日以前的库存粮油进行清理，对其中按原规定可以免征增值税但自1999年8月1日起应当征收增值税的粮油，如尚未提取进项税额，应按买价依10％扣除率计提进项税额，并报主管税务机关审核确认后，计入当期进项税额。未经主管国税机关审核确认的，不得计入进项税额。
八、经主管国税机关审核认定免税资格的粮油购销及粮食经营企业，应按月对其销售的应税货物及免税粮油一并向国税机关进行纳税申报，并随同增值纳税申报表，附报下列资料：
1．国有粮食购销企业当月开具的增值税专用发票必须如实填报《增值税专用发票使用明细表》（样式附后，各区县局、直属分局自印）；国有粮食购销企业在办理增值税纳税申报时除填报增值税申报表主表和《增值税专用发票使用明细表》外，其他附报资料可暂不填报。
2．军粮供应企业应报送当月由区、县粮食局加盖公章认可的《军用粮票解缴单》。
3．销售“帮困卡救济粮”的粮食经营企业，应报送当月向区县粮食局上报的《帮困卡粮油供应票上缴单》（暂定复印件）。
九、国有粮油购销企业及其他免税粮食企业免税资格的审核认定工作，由各区县国税局、直属分局的流转税管理部门负责。
