各级发展改革、财政部门负责指导、协调政府投资（包括自筹）拖欠项目的建设单位与施工企业签订还款计划，并监督其还款计划的实施；各级建设、工商部门负责组织指导、协调房地产开发项目和其他社会投资项目的开发企业及其他社会投资项目法人与施工企业签订还款计划，并监督其计划的实施；各级劳动、建设部门负责组织指导和协调施工单位拖欠农民工工资还款计划的签订并监督其实施。各部门要认真负责，制定工作规程并责任到人。
对于企业投资项目形成的拖欠，属于国有或国有控股企业投资的项目，由其主管部门负责督促建设单位与施工企业尽快核定欠款数额，制定还款计划，落实还款资金；属于民营企业投资或控股的项目，建设、工商部门引导双方通过市场中介机构核定欠款数额，制定还款计划，必要时通过法律手段解决。
四、加强部门间的配合，严把项目审批关
各级发展改革、土地、规划、建设等有关部门要密切配合，把好新上建设项目的立项、土地、规划、施工许可等审批关，否则，由纪检、监察部门追究其责任。今后凡被清欠办或相关部门公布有拖欠工程款记录的建设单位，在申请立项或办理土地、规划、施工许可时仍未能提供结清拖欠工程款证明材料的项目，或没有拖欠记录、但资本金不足，后续资金没有保障的项目，不予批准立项和办理相关的土地、规划及施工许可等手续。对建设单位以欺骗手段在工程建设期间抽逃资金形成拖欠，不按合同拨款的，建设行政主管部门要立即下达停工令，要求其按期拨付工程进度款后方可开工。
加强工程项目的施工许可证和工程竣工验收备案的管理。对没有提供银行资金到位证明（其中工期不足一年的，到位资金不得少于工程合同价款的50％；超过一年的，不得少于30％）和建设单位有过发包工程经历但没有提供施工单位出具的工程款结算证明的，不予办理施工许可证。对未提供施工企业支付工程款证明或有拖欠行为的不予验收备案。
五、统一组织，落实责任
各级人民政府要对本地区清欠工作负总责，健全和完善清欠工作领导小组及部门协调工作机制，建立必要的考核制度，自上而下签订清欠目标责任状。要进一步明确各有关部门的职责分工，落实相关责任，建立和完善清欠长效机制和应急机制。发展改革、财政部门要负责制定落实本级政府管理项目拖欠工程款的相应措施，并督促相关主管部门或项目法人做好清欠工作。建设部门牵头负责工程款的清欠和投诉案件的处理工作，并会同工商部门负责制定房地产开发企业和其他企业投资项目拖欠工程款的相应措施。劳动保障部门牵头负责农民工工资的清欠和投诉案件的处理工作，水利、交通、铁路、信息产业、教育、民航等专业部门负责本系统管理的建设项目清欠和投诉案件处理工作。
