下级环保部门，对属其管辖的环境行政违法行为调查取证后，认为需由上级环保部门查处的，可以报请上一级环保部门决定。
第九条 一切单位和个人都有权对环境行政违法行为进行检举和控告，被检举人、被控告人不得以任何形式对检举人、控告人进行打击报复。
第十条 环保部门对告诉的环境案件，认为需要查处的，应在七天内立案，并通知告诉人填写“查处环境行政违法行为登记表”。如认为不需要查处的，应在七日内书面通知告诉人。
第十一条 对事态紧急，可能造成或者已经造成重大危害的环境行政违法行为，有权管辖的环保部门应立即组织进行现场调查，然后补填“查处环境行政违法行为登记表”。
第十二条 查处环境行政违法行为的调查取证工作应由二人以上共同进行。
查处人员认为与所查处的环境行政违法行为当事人有直接利害关系的，可主动申请回避；被查处的当事人也可申请查处人员回避。是否准许，由领导集体研究决定。
查处人员可向有关单位查阅与该环境行政案件有关的档案、资料和原始凭证，有关单位应如实提供材料，协助进行调查，并出具有关证明。查处人员对涉及国家秘密的证据，必须保密。
第十三条 证据有以下几种：书证，物证，视听资料，证人证言，当事人的陈述，监测鉴定结论，勘验笔录，现场笔录。
环保部门认为需要签字或者盖章的证据，应由被调查人和查处人员签字或者盖章。对在调查中当事人无正当理由拒不到场或者拒不签字的，应作说明。
第十四条 各级环保部门的环境监测站必须按国家有关环境监测规定的要求，及时、准确监测鉴定及提供有关材料，并对监测鉴定结论负责。
其他受环保部门委托测定的监测数据及其结论，经环保部门认可后可作为查处环境行政违法行为的依据。
第十五条 各级环保部门应成立查处环境行政违法行为复核小组，该小组由三人以上的单数组成，并由环保部门的法定代表人或者受其委托的分管领导人担任组长。
调查终结后，查处人员应及时综合、整理调查材料，写出调查报告，并制作环境保护行政处罚决定书，连同其他材料送交查处环境行政违法行为复核小组集体评议。
第十六条 环保部门在作出行政处罚决定前，应当告知当事人作出处罚决定的事实、理由及依据；并告知当事人依法享有的权利。
