各区、县环保部门收取排污费，应持物价部门核发的“收费许可证”，使用经北京市财政局统一监制的“排污收费专用发票”。
第八条 各区、县环保部门应于每月25日前，将本月征收的中央部属（在京）和市属单位的排污费上缴市环保局，由市环保局于次月10日前，按照市财政局统一印制的“一般缴款书”所列各项内容填列完整、正确，及时办理缴入国库的手续。区、县属以下排污单位缴纳的排污费由区、县环保部门按月或按季缴入区、县财政。
第三章 使用范围和方式
第九条 排污费资金应主要用于以下项目支出
1．重点用于电力、冶金、建材、化工等行业重点污染源治理项目；
2．“三废”综合利用项目以及其他治理污染项目；
3．为实现节能、降耗、减污而进行的清洁生产示范项目；
4．区域性污染防治项目；
5．监督性监测、监察及环保专用仪器、设备的补助费用；
6．防治污染新技术、新工艺的科研开发费用；
7．对环境污染治理项目的贷款贴息；
8．结合北京市污染防治目标与对策要求，安排的重点项目资金等。
第十条 排污费资金不得用于以下支出
1．环境保护部门的行政机关、环境监理、环境监测、环境科研、宣传教育和信息管理等机构的人员经费、公用经费支出；
2．城市建设、环境卫生和绿化项目支出；
3．与环境保护无关的其它支出。
第十一条 排污费资金使用采用国家补助资金和贷款贴息等方式。
第四章 使用程序和财务管理
第十二条 中央部属（在京）和市属单位使用排污费资金时须向其主管部门提交用款申请，同时填报《污染源治理环保补助资金申请表》，由主管部门审查签章后报送市环保局。
第十三条 市环保局应按照市财政局部门预算的统一部署，结合《北京市环境污染防治目标和对策》以及工作重点，制定环境污染治理项目，根据轻重缓急排序列入部门预算，形成滚动项目库。
第十四条 根据排污费的当年收入情况，市环保局商市财政局从项目库中筛选确定重点治理项目，按照部门预算的统一要求编制排污费资金支出计划，由市财政局在环保局部门预算中批复下达排污费资金预算支出指标。
