采矿权人以现金方式缴纳矿产资源补偿费时，征收机关必须开具矿产资源补偿费自收汇缴专用发票，并由征收机关填写全国统一印制的《矿产资源补偿费专用缴款书》，于当日将收入上缴中央金库。采矿权人以转帐方式缴纳矿产资源补偿费时，直接填写全国统一印制的《矿产资源补偿费专用缴款书》，经征收机关审核后，由采矿权人将收入直接上缴中央金库。
第十三条 凡有《
矿产资源补偿费征收管理规定》第
十二条、第
十三条中规定情况之一的，由采矿权人申请，报省国土资源主管部门会同省财政厅批准，可以免缴、减缴矿产资源补偿费。
《
矿产资源补偿费征收管理规定》第
十二条、第
十三条中所称“废石（矸石）”“尾矿”和“工业品位”，按照有关主管部门批准的矿山建设项目可行性研究报告或初步设计确定的有关技术经济指标界定；或由征收机关核定。
第十四条 采矿权人免缴、减缴矿产资源补偿费，须在每年1月底前就本年度免缴、减缴矿产资源补偿费的理由、期限及减缴幅度等提出书面申请，一式5份报送管辖的征收机关。
征收机关在接到采矿权人免缴、减缴申请之日起15天内，会同同级财政部门，提出审核意见，逐级报送至省国土资源主管部门。省国土资源主管部门自接到申请之日起30日内会同省财政厅，对采矿权人的申请作出是否批准的决定。其中减缴额超过应缴额50％的申请，省国土资源主管部门会同省财政厅签署意见后，报省人民政府批准。
凡经批准免缴、减缴矿产资源补偿费的申请，由省国土资源主管部门报国务院国土资源主管部门国务院财政部门备案。
免缴矿产资源补偿费的采矿权人，应当每半年向管辖的征收机关报送矿产品产量、销售数量、销售价格和实际开采回采率等有关资料；免缴期不足半年的采矿权人，在免缴期结束时应当立即报送上述资料。
