同时采用直接考核和间接考核的办法。
直接考核的内容：即前款4中所列内容。
间接考核的内容，与第一期承包办法相同。
（2）保科技水平
除第一期保科技水平指标内涵外，增加对科研院所承担的国家、部、市重点项目完成情况的考核。
（3）保科技后劲
除第一期保科技后劲指标内涵外，增加以自有资金用于新大学生一年培养及用于后劲课题投资额的考核。
（4）挂钩办法
继续实行“三保一挂”指标完成情况与工资总额或奖励基金挂钩。继续以五项任务等（全方位追踪成果的宏观经济效益和社会效益；完成的重大成果数；承包、领办生产企业和建立紧密型联合组织；核减事业费；人才引进与人员培训等）完成情况作为确定工资总额或奖励基金挂钩增减幅度上限或下限的主要依据。
各项指标基数的确定，参考上期承包的实际完成数与行业年增长幅度的预测值，结合院所实际情况酌情核定。
6、承包指标原则上采用人均量与总量并用的考核办法。确定人均量不实行“一刀切”，但要逐步建立起行业的和相近行业的人均考核基准。目前，要参考原有基数及不同行业、不同院所的特点，并对大院大所酌情适量调整。
7、为调动科技人员积极性，确保完成“三保”指标和五项任务等，科研院所要充分发挥集体优势、综合优势。可以合理分解指标，加强科学管理。
8、科研院所要进一步加强思想政治工作和精神文明建设，提倡艰苦奋斗、自力更生和无私奉献精神。为引导方向，奖励先进，继续实行年度科研院所“改革与发展”评比制度。凡在政治上出乱子、工作上出大事故，经济、财务管理上出大问题，造成不良影响的，均取消当年参加“改革与发展”评比的资格。
二、坚持和巩固拨款制度的改革，完善运行机制
1、改革拨款制度，是推动科研院所“面向”经济建设，转变运行机制的一项关键措施。按照技术开发型单位核减事业费达到保留离退休人员费用、社会公益型单位实行“包干制”和“一所两制”单位核减事业费达到预定目标的基本要求，除个别单位外，1990年核减事业费要到位。有的已超出或即将超出预定到位目标的，要经过核定，酌情予以调整。
2、科研院所核减事业费到位后，其社会功能不变，仍按预算科研事业单位进行管理。市财政对科研事业费的拨款，逐年递增不变。
3、进一步用好管好市、局两级院所科技开发基金。市级基金的使用原则是：引导改革、增强实力、突出重点、兼顾一般。在今后五年中，市级基金50％以上的数额要用于匹配支持为本市本行业技术进步服务的重点院所中试基地和科研手段的建设以及重大后劲项目。市、局两级基金使用范围不变。局级基金使用的审批程序不变。
