四、转换运行机制
（一）合作经营
用水合作组织可以自己经营管理小农水工程，也可以聘用有一定技术知识、生产经验和经营管理能力的能人经营管理小农水工程，受聘者直接对用水合作组织负责并受其监督。
（二）承包
通过签订承包合同，由小农水工程所有者将工程的经营管理权委托给承包者，承包者按合同进行经营管理。承包者可以是用水合作组织内部成员，也可以是外部人员和组织。
（三）租赁
通过招标的办法与承租人签订租赁合同，在合同约定的期限内，承租人自主进行生产经营活动，按期缴纳租金，并保证租赁期满时重新核定的资产达到合同规定值。承租期内允许继承，但不得擅自转让，如转让必须经所有者同意，由所有者与新的承租人重新签订租赁合同。
（四）股份合作
通过资产评估，将小农水工程资产划分为若干股，出售部分或全部股份，由两个或两个以上股东参与经营管理。股东按照章程或协议，可以用资金、土地、劳务、技术、设备等作为股份参股，共同拥有小农水工程的所有权和经营权，实行按劳分配与按股分红相结合，并留出一定比例的公共积累，用于工程的维修改造。
（五）拍卖
将小农水工程的使用权或经营权公开竞价出售，由多个参与者竞争，在其它条件相同的情况下，最终卖给出价最高的购买者，由购买者自主使用或自主经营，操作时严格按各区人民政府的规定执行。
涉及人民群众生命财产安全的小（Ⅱ）型及以上的水库，其所有权不允许拍卖，可按受益范围成立多种形式的用水合作组织；小型塘坝、灌排机站及小型渠道等工程设施，允许实行承包、租赁、拍卖或股份合作等经营管理方式。
五、规范改革运作程序
各区在改革过程中要严格执行国家有关水法规和政策，在对工程现状进行调查摸底和搞好宣传发动的基础上，按照划分范围、界定所有权、资产评估、确定方案、公开招标、签订合同、报批备案、建档立卡等步骤组织实施，规范其操作程序。
无论是用水合作组织聘用“能人”管理方式，还是承包、租赁、拍卖和股份合作方式，都必须依法签订合同，规定小农水工程的性质、用途，明确双方的权利、义务、违约责任等。
小农水工程改制所回收的资金，归工程所有者，并专项用于发展当地的农村水利事业。回收资金的使用审批，按各区人民政府的具体规定执行。
