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年度基金使用结余控制在10%以内。国家政策明确规定由地方财政承担的有关卫生费用，包括计划免疫费用、重大传染病防治费用和开展疾病普查、筛查等的费用不得在新农合基金中开支。
全市新农合原则上实行统一的补偿模式，即补住院、补若干非住院的重、慢病门诊、补计划内分娩、补家庭门诊。住院基金中医疗费用补偿起付线、补偿比例、封顶线按以下标准执行：
补偿起付线：一级定点医院（含未定级乡镇卫生院）100元，二级定点医院300元（含市级未定级医院），三级定点医院800元，省级定点医院1000元。纯中医药治疗，市、区县（市）定点中医院分别为500元、200元。
补偿比例：一级定点医院（含未定级乡镇卫生院）60%，二级定点医院50%（含市级未定级医院），市三级定点医院30%，省级定点医院25%。纯中医药治疗，市、区县（市）定点中医院分别为50%、60%。参加新农合的家庭成员连续缴费3年以上，均未享受住院补偿待遇的，从第4年起，其家庭成员的住院补偿支付比例每年提高2%，提高比例最多不超过12%。
补偿封顶线： 2万元。重、慢病门诊补偿病种控制在20种左右，每一病种年补偿金额控制在500-2500元之内；住院分娩补偿平产200元、剖宫产300元，难产纳入住院医疗补偿；无责任方的意外伤害实行医疗费用分段定额补偿，即医疗费用每1000元补偿100元，补偿额达封顶线；重大疾病医疗费用补偿超过封顶线的实行第二次补偿，即医疗费用每1000元补偿100元，补偿额第二次达到封顶线。国内无法替代的各类进口导管（套、丝）、体内放置材料、人造器官、器官或组织移植（含器官源或组织源）、核磁共振（MRI）、电子计算机体层扫描（CT）、彩超、冠脉造影、数字血管减影（DSA）、静脉肾盂造影、纤维支气管镜、支气管造影、心电监测、动态心电图以及其它单项检查、治疗、材料等费用较高的项目，须严格掌握使用指征，其费用按60%纳入补偿范围。
西湖管理区、西洞庭管理区人民医院住院病人医疗费用补偿起付线、补偿比例、封顶线按二级定点医院对待。参合农民在本市范围内任一一、二级定点医院住院的医疗费用补偿起付线、补偿比例、封顶线，均按当地一、二级定点医院同等对待。需在本区县（市）以外定点医院住院的，必须向本区县（市）合管办报告或办理相关手续。非定点医院诊疗费用一律不予补偿。
区县（市）合管委要按照本《意见》制定和调整本地的《管理办法（草案）》，并报市协调领导小组办公室审批后，由区县（市）政府发文实施。
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