二、 关于税款的退付
征收机关将不再直接退付纳税人税款。“新版软件”将已征收入库税款的退税信息上传CTAIS，计统部门根据上传退税信息和传递的退税纸质文书从国库办理车购税税款的退付。由于目前“新版软件”不支持软件上线前已征收入库税款退税信息的传递，因此目前计统部门对车购税退付的办理仅限于“新版软件”上线后征收税款的退税办理。对于上线前已征收入库的车购税税款的退税，有待于总局对软件升级后才能办理。
车购税退税的办理与现行的其它税收退税相同：即由纳税人提出申请，征收机关审核，上报上级主管部门审批后，送同级计统部门，计统部门对纳税人已入库信息核对，开具《税收收入退还书》送国库办理税款退付。
车购税征收机关受理退税申请后，通过“新版软件”向CTAIS传递退税信息，同时还应将纳税人退税的纸质文书通过主管部门审核后传递计统部门。计统部门收到后办理退税业务。
计统部门在办理车购税退库时，应按规定开具《税收收入退还书》送国库办理退税。纳税人从其开户行帐户转账缴税的，将税款退至纳税人缴税的开户银行帐户；纳税人通过北京市政府采购中心账户缴税的，将税款退至北京市政府采购中心账户；纳税人以现金方式缴税的，纳税人在银行开立结算帐户的，将税款退至其结算帐户；未开立结算帐户需退付纳税人现金的，除纳税人应按规定向征收机关提出申请，写明退税原因外，还应在退税申请中注明“退付现金”字样、纳税人名称和有效身份证明号码，并提供原完税凭证复印件。主管税务机关审核同意办理现金退税后，计统部门应在填开《税收收入退还书》时，在退还书备注栏注明“退付现金”字样、原完税凭证字号及纳税人有效身份证明号码，最迟于次日将《税收收入退还书》、《退税申请书》和原完税凭证复印件等一并送达当地国库办理退税。
计统部门根据已签发办理现金退税的《税收收入退还书》，将相关纳税人信息通知车购税征收部门。车购税征收部门据此开具《领取现金税款通知单》（样式附后）交纳税人，并告之纳税人按《领取现金税款通知单》注明的要求，持其到指定的银行领取退税款。
三、会统核算
“新版软件”应将开具的完整税票信息向综合征管系统传递，计统部门根据开票信息，与国库对帐销号后的入库信息等征收数据，按照《税收会计制度》有关规定，进行车购税应征、待征、入库等科目的核算，并据此生成税收会统报表的车购税数据。
