（一）负责对县（区）统筹基金的管理，并对补偿情况进行总结分析；
（二）负责监督管理参合医疗机构和乡（镇）合管办新型农村合作医疗基金运行；
（三）接收乡（镇）上报的分村、分户到人的参合农民台账；
（四）负责对乡（镇）筹集资金的催缴和台账建立工作；
（五）办理到县（区）外医院就诊的转诊手续和在外地住院费用的补偿；
（六）向乡（镇）合管办和参合医院拨付补偿款；
（七）负责县（区）内新型农村合作医疗网络建设、维护和监督管理。
第六条 乡（镇）相应设立乡（镇）新型农村合作医疗管理工作领导小组，由乡（镇）长和有关部门负责人及参加新型农村合作医疗农民代表组成。领导小组下设办公室，负责处理日常工作，办公地点设在乡（镇）卫生院，乡（镇）分管领导兼任办公室主任，卫生院院长、财政所所长兼任办公室副主任。
乡（镇）合管办职责：
（一）建立和上报分村、分户到人的参合农民台账，负责本乡（镇）参合农民的信息录入工作；
（二）接收并上交村（居）民委员会所筹资金；
（三）负责监督和管理本乡（镇）参合医疗机构新型农村合作医疗基金的运行；
（四）负责个人门诊定额费用的补偿；
（五）负责县（区）合管办所拨付补偿款的发放工作；
（六）负责县（区）合管办所需信息的上报工作。
第七条 县（区）合管办应配备5-10名、乡（镇）合管办应配备2名专职人员，其人员经费纳入财政预算，工作经费按参合人口每人每年0.5-1元列入县（区）财政预算，不得从新型农村合作医疗基金中提取。
第三章 权利和义务
第八条 参合农民的权利和义务：
（一）享有门诊定额补偿、门诊药费补偿、住院医药费用补偿和特殊项目检查及治疗费用补偿的权利；
（二）在接受医疗服务中，享有知情权和选择权，如果同意接受补偿范围外的医疗服务，必须签字同意；
（三）必须按时足额缴纳新型农村合作医疗统筹费，并自觉遵守有关管理规定。
第九条 县（区）、乡（镇）合管办工作人员的权利和义务：
（一）接收、上交新型农村合作医疗所筹资金；
（二）享有对参合农民补偿和转诊的审核权利，承担办理的义务。
