2008年1月起，电力行业（包括电力生产企业、自备电厂）执行本办法，其他行业的执行时间另行规定。
电力行业2007年底前投入运行机组排放的二氧化硫超过核定排放指标的差额部分和2008年1月以后投入运行的燃煤机组新增的二氧化硫排放指标部分，按规定有偿取得排放指标。
2007年底以前投入运行的机组，已安装脱硫设施，由省环保厅、经贸委和南京电监办对脱硫机组脱硫装置运行进行监测，排放二氧化硫低于核定指标的，暂不征收二氧化硫排放指标有偿使用费。机组因节能发电调度转移的电量，所对应的二氧化硫排放量也随之转移给多发电机组。
第二章 排放指标的申报与核定
第四条 对排污单位排放指标实行按年度申报、核定的办法。
第五条 排污单位应当按照排污申报规定，在每年2月底前向环保行政主管部门申报当年排放指标。
第六条 环保行政主管部门应当按照总量控制和减排计划的规定，根据排污单位排污申报、国家和省关于二氧化硫排放指标分配规定，会同电力行政主管部门，在每年3月底前核定、下达排污单位当年可使用的排放指标，抄送同级价格主管部门、财政部门和电力监管部门，并向社会公示。
第七条 新建、改建、扩建项目以及火电厂“以大压小”项目（不包括淘汰项目）新增排放指标应满足总量控制和环境质量的要求，并经环保行政主管部门核准后，按本办法规定有偿取得，或通过环保行政主管部门采用招标、公开拍卖的方式有偿取得排放指标。
第八条 排污单位发生改制、改组、合并或分立等变更行为的，其变更后的排放指标不得超过核定的排放指标。确需增加的，按第七条规定执行。
第九条 因环境违法行为被各级政府或环保行政主管部门责令关停、取缔的排污单位，其排放指标由环保行政主管部门无条件收回；排污单位自行关闭的，其未使用排放指标由环保行政主管部门按规定回购，回购的排放指标作为储备指标，在符合总量控制和污染减排的要求下可以有偿出让。
第十条 每年3月份前，由环保行政主管部门按分级管理的原则，审核排污单位上一年度排放指标执行情况，作为当年二氧化硫排放指标分配的核算依据之一，并向社会公示。
