各级财政部门要加强合作医疗基金管理，规范合作医疗基金拨付制度。加强对基金使用的检查与监督，形成定期上报基金使用报表与随机抽查相结合的监督机制，严加防范并严肃查处虚报、挪用、截留、套取、抽走、贪污合作医疗资金以及造假凭证、作假帐等行为。
各级审计部门要加强对合作医疗基金管理和使用的专项审计，实行年度必审，经审计并整改合格的方可申请下一年度上级补助资金。各辖市（区）级合作医疗基金管理部门对审计结果负直接责任。
六、强化定点医疗机构监管，建立有效的费用控制机制
各级卫生行政部门要综合运用行政和经济手段，加强对合作医疗定点医疗机构服务行为和费用的监管，采取有效措施遏制医药费用不合理增长，减轻农民医药费用负担。建立准入和退出机制，完善管理和考核办法，加强对定点医疗机构服务质量和费用控制的监管。督促定点医疗机构认真执行合作医疗基本药物目录，严格控制目录外药品和诊疗费用占总医药费用的比例，一般不得超过10%，并实行事先告知及病人签字认可制。严格控制定点医疗机构平均住院费用、平均门诊费用的上涨幅度，具体比例由辖市（区）卫生行政部门在每年年初下达，向社会公开，接受监督。
七、实行药品集中招标采购、统一配供，确保农民用药安全、经济
从2007年起，以辖市（区）为单位，实行社区卫生服务机构药品集中招标采购、统一配供，规范药品差率，让利优惠于民。市区（指京口、润州和镇江新区）由市医保结算中心组织实行社区卫生服务机构药品集中招标采购、统一配送，各辖市和丹徒区由卫生行政部门组织实施。通过公开招标，签订药品集中采购配送协议，委托中标药品批发企业负责社区卫生服务机构的药品集中配送服务，保证农民用药安全、有效、经济。
八、加强农村卫生服务体系建设，提高农村卫生机构服务能力
各辖市（区）要按照国家发改委、卫生部、财政部颁布的《农村卫生服务体系建设和发展规划》和市政府《关于进一步加强社区卫生服务工作的意见》要求，抓紧制定本地《农村卫生服务体系建设和发展规划》，明确农村卫生机构的功能定位、数量、规模、卫生人才队伍建设和技术发展要求，调整农村卫生机构规模、功能和布局，优化农村卫生资源配置。要结合实施农民健康工程，改善农村医疗卫生机构基础设施条件，全面加强农村医疗卫生服务机构标准化建设，力争在三年内全部达到省定标准。
