1．工业污染。我市小建材、小化工、小电镀、小制革类乡镇工业，大多为高能耗、高污染、低附加值类企业。布局分散，规模偏小，治理成本高，监控难度大。加之近年来一些城市污染企业向农村转移，使农村工业污染程度进一步加重。
2．面源污染。近年来，尽管无公害、绿色、有机食品技术得到一定程度的推广，但大多数农民还是不愿在承包地里投入过多劳力，有机肥施用量大幅减少，化肥、农药应用量居高不下。不仅降低了农产品质量，严重威胁着人民群众的身体健康，而且残留的化肥和农药被雨水淋溶后流入河道，加剧了水体污染。
3．生活污染。农村环境保护规划在建设中没有得到很好落实，村镇功能布局不合理，农村生活污水和生活垃圾处理等环境基础设施严重落后于经济与城镇化发展水平，生活污水、垃圾、粪便得不到切实有效处理，充斥村落，堵塞河道。全市农村生活污水、生活垃圾无害化处理率几乎为零。
4．畜禽养殖污染。一些畜禽养殖场治污能力弱，设施简陋，畜禽粪尿基本未经处理直接排入河流等低洼处，或自然渗入地下，极大影响农村地表、地下水质。一些地方鸭鹅养殖专业户直接利用水库、河面进行放养，鸭鹅粪直接排入河中，水质遭受强烈污染。病死畜禽随意弃置事件也时有发生。
导致农村环境污染的原因是多方面的，主要有：
一是环境规划不到位。大部分城镇只重视编制总体建设规划，忽视了与土地、环境、产业发展等规划的有机联系，规划之间缺位或不协调，城镇和农村聚居点或者沿公路发展，形成马路和带状集镇，或者与工业区混杂。由于基础设施和管理严重滞后，生活垃圾一般直接排入周边环境，造成严重的"脏乱差"现象。很多农村的环境质量除了大气，其余已经劣于城市。
二是管理法规不配套。目前农村环境管理细则缺乏、农村环境管理机构不健全、环境保护职责权限分割、尚未形成环境监测和统计工作体系。我国诸多环境法规是针对工业和城市来制定，难以适应农村环境管理，如《
环境保护法》、《
水污染防治法》等，对农村面源污染和分布较为分散的乡镇企业的污染排放监控无能为力。
三是投入体制不顺畅。城乡分治战略使城市和农村间存在着严重的不公平现象。长期以来，污染防治投资几乎全部投到工业和城市。城市环境污染向农村扩散，而农村从财政渠道却几乎得不到污染治理建设资金，也难以申请到用于专项治理的排污费。农村环境的改善，特别是环境基础设施的建设，需要大量的资金投入。目前随着城市化进程的加快，辖市区主要资金投向城区建设。乡镇、村级财政十分困难，生产性基础设施建设都难以应付，生活污水、垃圾处置等环境基础设施建设更是无从谈起，总体上处于空白状态。
