河灌总局是河套灌区管理的主管部门，根据现有的功能定位，按照巴彦淖尔市政府《关于印发巴彦淖尔市水务局职能配置、内设机构和人员编制规定的通知》（巴政办发〔2004〕9号）精神，继续承担河套灌区的规划、建设，工程、灌排管理，水价测定、申报等各项建设管理工作；负责领导和管理各灌域管理局机构、工程管理机构和系统内各水管事业机构。
⒉机构设置、人员编制和经费来源。
河灌总局现下设5个灌域管理局、2个工程管理局，根据国务院事业单位改革的精神和国务院办公厅《关于水利工程管理体制改革实施意见的通知》（国办发〔2002〕45号）、自治区政府《关于印发自治区水利工程管理体制改革实施方案的通知》（内政字〔2004〕 270号）和《关于进一步推进全区水利工程管理体制改革工作的通知》（内政发〔2007〕91号）文件要求，属于水管体制改革的范围。要通过划分水管单位类别，明确水管单位性质，调整和规范水管单位管理、维护和经营的关系，畅通经费来源渠道，推进管养分离，初步建立起符合灌区实际的水管体制和运行机制，为当地广大农牧民群众和经济社会、生态文明建设服好务，达到既保证水管单位的正常运转，工程的安全运行，效益的充分发挥，又降低运行成本，减轻农民负担的目的，支持经济社会的可持续发展。
⑴对河灌总局的机构和编制进行“两定”。
对水管单位进行分类定性。根据国家和自治区水管体制改革文件规定，结合自治区事业单位改革的指导意见精神，对7个管理局进行如下分类定性。对于主要承担全市排泄灌区地下水、改善生态环境以及承担山洪排泄、降雨排涝等公益性任务的总排干沟管理局，定性为公益性事业单位。对于主要承担灌区输水、配水和农业供水任务，又部分承担着我市境内黄河凌汛期的分洪、泄洪和整个灌区的排洪、排涝、排泄地下水、改善生态环境等公益性任务的总干管理局、一干管理局、解放闸管理局、永济管理局、义长管理局、乌拉特管理局，定性为准公益性事业单位。
对水管单位进行定编定员。机构编制部门根据相关规定，参考水利部、财政部《
水利工程管理单位定岗标准（试点）》（水办〔2004〕307号），对灌区7个管理局岗位定员进行分类测算，定编标准要按低于测算下限值一定比例核定人员编制。
⑵理顺经费来源渠道，落实“两费”。
