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1、卫生资源总量不足，结构不合理。
我市人均卫生费用以及人均卫生事业费，与经济发展的速度不相称，经济发展的成就未能及时转化为卫生事业发展的物质基础。从现有卫生资源布局上看，结构性矛盾仍较突出。一是公共卫生服务相比于医疗服务比较薄弱。疾病预防控制机构人员素质偏低、仪器设备不配套、经费保障机制不完善，监测预警能力不强。疾病预防控制专业人员只占卫生队伍总数的3.73%。二是农村卫生相比于城市卫生比较薄弱。农村医疗卫生服务网络不够健全，基础卫生设施落后，卫生队伍整体素质不高，卫生监督执法队伍缺乏，服务能力和服务水平还不能满足农民群众的医疗保健需求。县以下卫生机构执业（助理）医师只占卫生技术人员总数40.03%，注册护士占22.03%。农民健康保障程度较低。三是基层社区卫生服务相比于医院服务比较薄弱。难以满足人民群众日益增长的多层次、多样化卫生保健需求，社区卫生服务机构诊疗人次只占总量的5.66%。四是民办医疗机构与公立医疗机构相比比较薄弱。民间资本作为卫生事业建设的一支重要力量，作用发挥不够充分，民办医疗机构床位只占医疗机构总床位的6.79%。
2、政府与市场作用界限不清，事业发展机制不完善。
卫生事业作为政府实行一定福利政策的社会公益事业，需要强化政府职责，同时也要充分利用市场机制。但在卫生事业发展过程中，政府职责与市场机制边界不清，政府与市场两种手段交差错位，未能发挥各自应有的作用，影响了卫生工作社会目标的实现。一方面，政府投入和监管责任不到位。政府卫生投入绝对数虽然逐年增加，但其占地方财政支出的比重逐年下降（2001年至2004年分别为3.61%、2.78 %、2.80%、2.29%）。同时政府卫生行政部门监督执法力量不足，监管力度不够，政府规范引导医疗卫生服务的作用未能充分体现，群众对医疗服务认同度不高。另一方面，市场机制运用问题上“过”与“不及”并存。公立医疗卫生机构经济运行过多引入市场激励机制，采取了鼓励收费的公共服务融资导向，医院维持发展主要靠自身积累，疾控机构运行也相当程度上依赖“创收”，扭曲了卫生事业的发展机制，使医疗卫生机构产生了过度追求经济利益的倾向。运用市场机制，吸引社会资本进入医疗卫生领域又显不够。
3、卫生服务公平性不够，资源利用效率不高。
“看病难、看病贵”是社会热点问题，成因复杂，但核心是医疗卫生服务公平性不够。一是筹资公平性不高。在现行财税体制下，政府对卫生事业的投入力度与地方政府的财力高度相关，经济困难地区政府投资于卫生的能力相当弱。二是医疗保障公平性不高。我市城镇职工基本医疗保险参保总人数只有60.03万人，新型农村合作医疗制度保障水平还不高。三是服务利用公平性不高。城乡不同人群之间医疗卫生服务利用的差异在扩大。与公平性不高并存的是，卫生资源的利用效率也不高。从卫生服务调查资料看，我市医疗机构的总服务量“十五”期间没有明显增长，但居民两周患病率却有所增长，说明并非健康改善减少了城乡居民对医疗服务的需求。同时医疗机构特别是基层医疗机构病床使用率较低，农村卫生院的病床使用率仅在50-60%左右，有限的卫生资源没有充分体现出应有的效益。
（三）“十一五”期间卫生事业发展的宏观环境
“十一五”期间，我市卫生事业发展既面临良好的机遇，也面临严峻的挑战，总体上宏观环境有利。
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