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负责饮用水源保护，落实饮用水源地保护措施；
负责农村生活污水处置工作；
组织有关专家研究太湖水污染和蓝藻防治技术措施，制定落实工作方案。
（二）市水利局
负责水文水质监测；
负责制定和实施水量调节等工程性措施；
负责制定和实施河湖清淤工作方案；
负责联络太湖管理部门和有关科研单位，争取工作支持。
（三）市规划建设局
负责保障供水和饮用水安全；
负责制定和实施制水应急预案；
负责制定和实施中心城市供水应急预案；
负责取水口蓝藻拦截工程的建设管理；
负责城乡生活垃圾、城镇生活污水截污和处置工作；
负责寻找城市备用水源和新的水源地，制定工作方案。
（四）市卫生局
负责自来水出厂水水质监测；
负责疾病控制和传染病防治工作。
（五）太湖度假区管委会
负责实施辖区内环境整治和污染治理工作；
组织实施辖区内生态修复和蓝藻拦截工程设施建设；
负责太湖水面蓝藻打捞处置工作。
（六）市交通（港航）局
负责船舶航运管理，实施市河禁航工作；
负责航道清淤工作。
（七）市经委
负责组织实施企业清洁生产工作；
协助有关部门做好污染减排、项目控制和企业搬迁工作。
（八）市农业局
负责农业面源污染防治工作；
负责研究和实施生物治藻措施。
（九）市气象局
负责天气预报、水温预测监测工作；
负责在特定情况下组织人工增雨作业。
（十）市财政局
负责落实生态修复、污染治理和太湖蓝藻防治资金。
（十一）市政府新闻办
负责对外宣传和舆论监控。
（十二）市应急办
负责指导编制《湖州市蓝藻防治应急预案》；
协调督促有关部门组织实施应急措施。
（十三）德清县、长兴县、安吉县、吴兴区、南浔区政府，湖州开发区管委会
负责做好辖区内蓝藻防治各项工作。
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