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进一步加大对艾滋病、结核病、血吸虫病、肝炎等重大传染病、地方病及慢性非传染性疾病的防控力度，建立综合防治机制。重大传染病进一步得到有效控制，确保不出现因控制措施不力而导致的疾病传播和流行，全市法定报告传染病总发病率控制在全省平均水平以下。完善医疗固体废物集中处置，全市各级各类医疗机构、医疗固体废物集中处置率达100%，县及县以上医疗机构污水处理达到环保规定标准。
广泛开展爱国卫生运动。以除害灭病为重点、以创建卫生乡镇、城市为抓手，加强城乡爱国卫生工作，加快推进农村改水改厕、垃圾和生活污水处理等各项卫生环境整治工作，农村大力推行生活垃圾户集、村收、乡镇运、市（县）集中无害化处置模式。到2010年力争全市农村饮用安全自来水普及率达95%，农村卫生户厕普及率达85%，
农村生活垃圾全面实施集中无害化处理，全市90％以上乡镇达到市级以上卫生镇。
3.建立健全卫生监督执法体系。按照整合资源、扩大覆盖、分级负责、属地管理的原则，建成集食品卫生、传染病防治、职业卫生、放射卫生、公共场所卫生、学校卫生、化妆品卫生、饮用水卫生、采供血和医疗机构等综合卫生监督执法于一体，能有效应对各类突发公共卫生事件的卫生监督执法体系。吴兴、南浔区独立设置卫生监督所。市、县区卫生监督机构的人员、装备达到国家和省规定的标准，并根据“划片设置、垂直管理”的原则和市有关文件规定，设立县、区卫生监督派出机构。
推行卫生行政执法责任制和责任追究制。建立和完善政府主导、部门协调、社会监督和生产经营单位自律的卫生监督管理机制，加强各项卫生监督执法。按照属地管理和权责一致的原则，促进卫生监督工作重心下移，切实加强农村卫生监督管理，卫生监督各项工作指标明显提高，食物中毒、职业中毒等发生率逐步下降，并能得到及时有效控制。
4.建立健全医疗救治体系。按照统一指挥、优化配置、平战结合、运转协调的要求，在全市建立和完善以综合性医院、急救中心、传染病院（区）、采供血机构和专业救治机构为骨干的医疗救治网络。
加强传染病院（感染科）建设。市传染病医院投入使用。二级以上综合性医院设置相对独立的感染性疾病科。其他不设感染性疾病科的医院、卫生院应设立预检、分诊点。加强肠道门诊和发热门诊建设。
加强医疗急救机构建设。建立健全以市急救中心为主体、县区级急救分中心、站为基础的全市急救机构网络。市急救中心和分中心、站的基础设施、技术装备和人员配置达到国家规定标准；建立起全市急救机构统一号码，并与市、县急诊中心或县以上医院统一联网的急救网络系统。加快核事故、生物恐怖、职业危害等专业定点医疗机构建设。
加强采供血机构建设。市中心血站建设水平达到全省领先，实现全市血液管理信息化。继续保持临床用血100%来自无偿献血，加强血液质量管理，确保用血安全。
加强精神卫生工作。按照优先发展、完善功能、重在社区的要求，大力发展精神卫生事业。加强市精神病医院建设。鼓励精神病院和社区卫生服务机构开展社区精神卫生服务。
5.建立健全公共卫生预警、监测和报告信息网络体系。按照“横向到边、纵向到底”的要求，整合和利用现有国家卫生信息网和社会信息网络资源，建立连接国家、省，覆盖县、乡镇的公共卫生信息网络，疫情网络直报率达到100%。充分利用现代信息技术，实现突发公共卫生事件、传染病疫情和健康危害因素等相关公共卫生信息数据采集、网上实时报告、预警监测、指挥调度的统一管理，增强快速反应能力。
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