第二阶段为清查认定阶段（8月21日至11月底）。以乡镇、村组为主体，在县、乡政府和业务部门的领导与指导下，对自身债权债务开展全面清查、登记、核对、公布、审核、审计和确认。其中9月底前完成清查登记和核对公布工作，10月底前完成审核、审计工作，11月底前完成确认工作。
第三阶段为汇总上报阶段（12月1日至10日）。乡镇财政所和农经站向县上编制上报清查报表，县级农村税费改革办公室向市上汇总上报清查报表。
第四阶段为建账立制阶段（12月11日至12月底）。乡镇财政所和农经站建立管理台帐和数据库，县级农村税费改革办公室制定债务分类处置措施、化解办法、化解计划和乡、村两级债务问题管理规章制度，并上报市农村税费改革办公室。
五、工作措施
（一）加强组织领导，落实工作责任。清理乡、村两级债务债权工作量大面宽，政策性强，时间紧、任务重，事关群众切身利益和农村经济发展大局，涉及到许多工作部门及社会方方面面。各县区、乡镇必须在党委、政府的统一领导下进行，各级农村税费改革办公室要全力以赴搞好组织协调工作，财政、农业部门要加强具体工作的指导，乡镇财政所、农经站要切实负起责任，扎扎实实搞好具体工作的实施，纪检、监察、审计、民政、金融等相关部门要结合自己的业务特点，密切搞好配合，确保工作顺利开展。工作所需经费，各级财政要予以保证。
（二）拟定工作方案，搞好宣传培训。各县区、乡镇都要根据市上的统一要求，结合当地实际，制定清查工作实施方案，有组织、有计划、有步骤地开展工作。同时，要大力宣传乡、村两级债务债权清查工作的意义、目的及政策措施，提高各级干部和广大农民群众对这项工作的认识，争取他们的理解、支持和参与。对直接参与债务债权清查工作的乡镇财政所、农经站的业务人员和村组财会人员，要进行专门培训，为清查工作提供业务技术保障。
（三）坚持实事求是，严格工作程序。各县区特别是乡镇和村组要坚持实事求是原则，如实清理上报本区域发生的债权债务，不得擅自扩大清查范围和内容，严禁虚报和瞒报数据。清查报表数据一律以自下而上层层汇总结果为准，不与以往填报的数字挂钩。清查过程要严格遵循规定的程序和环节，不得违规操作和随意简化、自作主张。凡填报的各种报表必须经本级行政领导签字和加盖公章。
（四）充分发扬民主，加强监督检查。债务债权清查统计的全过程，必须充分体现公开透明、客观公正。乡镇和村组的清查工作既要接受财政、农业、审计、纪检监察等部门的指导监督，还要接受内部成员的民主监督。要吸收乡镇干部职工或村民代表参加，成立专门清查工作小组负责清查工作。乡镇纪检组织和村民主理财小组要充分发挥监督作用，乡镇或村组的清查结果必须经乡镇纪检组织或村民主理财小组审核签字。各级农村税费改革办公室要加强工作检查督促，确保各项工作要求落实到位。
