市林业局组织开展野生动物的资源调查和观测，组织专家分析和提出有关野生动物的分布、活动范围和迁徙动态趋势等预警信息；组织开展对野生动物疫源疫病的监测工作；发生野生动物疫情时，会同有关部门快速采取隔离控制等措施。
市交通局负责提供突发重大动物疫情应急处理人员以及防治药品、器械等应急物资和有关样本的运输保障，防止疫病扩散。
市商务局在发生突发重大动物疫情期间，负责做好生活必需品市场供应工作。
市卫生局负责发生重大动物疫情疫区内人员防护有关标准的制定和技术指导，以及高危人群的预防和医学观察、人间疫情监测及治疗工作。
市质监局依法确保应急物资的产品质量，参与制定重大动物疫情处置的相关技术标准。
市工商局负责做好疫区、受威胁区内动物及动物产品交易市场的监管工作。
市食品药品监督管理局负责发生重大动物疫情疫区和受威胁区内食品、药品的监督管理等工作。
吕梁军分区负责协调驻军系统内突发重大动物疫情应急处理工作，协调军队有关防疫资源，支援全市突发重大动物疫情的应急处理工作。
武警吕梁支队负责组织指挥武警部队参与突发重大动物疫情应急处理行动，配合公安部门做好疫区封锁及疫点内动物的扑杀工作。
其他有关部门根据部门职责和突发重大动物疫情应急处理的需要，组织做好相关工作。
2.2 日常管理机构
市畜牧兽医局负责全市突发重大动物疫情应急处理的日常管理工作。其主要职能是：提出有关突发重大动物疫情应急处理的方针、政策和措施；组建与完善重大动物疫情监测和预警系统；
制定突发重大动物疫情应急预案，组织预案演练；组织对兽医专业人员进行有关突发重大动物疫情应急知识和处理技术培训，指导各级政府实施突发重大动物疫情应急预案。
各县（市、区）人民政府畜牧兽医行政管理部门及驻军、武警系统参照市畜牧兽医局突发重大动物疫情日常管理机构的设置及职责，结合各自实际情况，指定突发重大动物疫情的日常管理机构，负责本行政区或本系统内突发重大动物疫情应急的协调、管理工作。
2.3 专家委员会
全市突发重大动物疫情专家委员会，由市畜牧兽医局负责组建，具体职责：对突发重大动物疫情相应级别采取的技术措施提出建议；对突发重大动物疫情应急准备提出建议；参与制定或修订突发重大动物疫情应急预案和处置技术方案；对突发重大动物疫情应急处理进行技术指导、培训；对突发重大动物疫情应急反应的终止、后期评估提出建议；承担突发重大动物疫情应急指挥部和日常管理机构交办的其他工作。
各县（市、区）人民政府畜牧兽医行政管理部门可根据本行政区域内突发重大动物疫情应急工作需要，组建突发重大动物疫情应急处理专家委员会。
2.4 应急处理机构
动物防疫机构主要负责突发重大动物疫情报告，现场流行病学调查，开展现场临床诊断和实验室检测，加强疫病监测，对封锁、隔离、紧急免疫、扑杀、无害化处理、消毒等措施的实施进行指导、落实和监督。
