围绕上述指导思想，公共卫生体系建设的总体目标是：基本建成与台州经济社会发展相适应，布局合理、功能完善、反应灵敏、高效运转、统一协调的公共卫生体系，全面提升疾病预防控制能力、卫生监督执法能力、医疗救治能力和突发事件应急处理能力；用更长一段时间，完善我市农村公共卫生体系、城市公共卫生体系和财政经费保障体系，更好地满足城乡公共卫生服务需求，不断提高广大人民群众的健康水平。
　　（一）建立健全公共卫生应急指挥体系
　　市、县两级政府建立突发公共卫生事件应急领导小组，由同级人民政府主要领导担任组长，各相关部门主要领导为成员，统一领导、指挥本行政区域内突发公共卫生事件的应急处理工作。市、县两级卫生行政部门建立突发公共卫生事件应急办公室，落实相应人员，负责制订突发公共卫生事件应急预案，应急演练，日常监测、预警和报告等工作，并履行同级政府突发公共卫生事件应急领导小组办公室的职责，一旦发现突发公共卫生事件，市、县应急领导小组迅速转为突发事件应急处理指挥部，负责辖区内卫生资源调度，组织现场处置和医疗救治，努力在全市范围内形成一个政府负责、分级管理、部门协调、运转高效的应急指挥体系。
　　（二）建立健全疾病预防控制体系
　　建立健全以市级疾病预防控制、妇幼保健和精神卫生机构为龙头，县级疾病预防控制、妇幼保健机构为骨干，由乡镇（街道）卫生院、各级医疗机构防保科为枢纽，社区卫生服务站、村（居）卫生室为基础的四级疾病预防控制网络。
　　加强疾病预防控制机构建设。认真落实国家、省有关文件精神，市疾病预防控制中心人员配备根据需要逐年增加，逐步达到按总人口2人/10万比例配备，县（市、区）疾病预防控制中心人员逐步达到按所辖人口1～1.3人/万比例配备，市妇幼保健机构人员配备逐步达到40～60人，县（市、区）妇幼保健机构人员逐步达到按所辖人口1人/1.5万比例配备。
　　切实加强对疾病防治机构检验检测装备的投入。根据国家关于加强公共卫生建设的精神，按照省发改委、省财政厅、省卫生厅等部门联合下发的《浙江省各级疾控机构仪器设备基本装备表》，各级疾控机构装备必须达到省定要求。市级疾控机构装备达标由市卫生部门提出方案，市财政从2007年起分3年列入预算，专项用于市级疾控机构装备。各县（市、区）要排出计划，加大投入，切实改善各级疾控机构装备水平，为提高我市疾病防治机构检验检测水平提供物质保障。
　　建立健全精神卫生体系。形成以社区为基础，精神病专科医院和综合性医院精神卫生科为依托，非专业化服务积极参与的综合性精神卫生防治服务体系。扩大精神卫生服务覆盖面，提高我市精神卫生服务能力，逐步满足群众需求。
　　切实加强农村公共卫生工作。乡镇卫生院主要承担公共卫生和基本医疗服务，受县级卫生行政部门委托承担辖区公共卫生管理职能，要进一步创新服务机制，提高服务质量，提高直接面向农民的公共卫生服务水平。加强村级卫生服务机构规范化建设。实行乡村一体化管理，村级卫生服务机构应进一步履行公共卫生工作职能，更好地满足农村群众卫生需求。

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