根据上述指导思想和原则，编制全省主体功能区规划，要妥善处理好以下关系：
一是处理好开发与发展的关系。开发是指大规模推进工业化和城镇化的生产建设活动，进而形成人口和经济的密集区。发展的含义比开发的含义要宽，限制、禁止开发并不等于限制和禁止发展，而是根据资源环境承载能力，因地制宜地确定发展内容和重点。
二是处理好政府与市场的关系。主体功能区规划是政府对国土空间开发的战略设计和总体布局，政府应当根据主体功能区的定位合理配置公共资源。同时要充分发挥市场配置资源的基础性作用，完善法律法规和区域政策，综合运用各种手段，引导市场主体的行为符合主体功能区的定位。
三是处理好主体功能与其他功能的关系。主体功能区突出的是主要功能和主导作用，并不排斥其他辅助或附属功能。重点开发区域的主体功能是集聚经济和人口，但也要划出一定范围的生态区、农业区、旅游休闲区等；限制开发区域的主体功能是保护生态环境，但在生态和资源环境可承受的范围内也可以发展特色产业，适度开发矿产资源。
四是处理好行政区与主体功能区的关系。编制主体功能区规划，需要打破行政区界限，改变完全按行政区制定区域政策和绩效评价的方法，同时，主体功能区规划的实施，也需要依托一定层级的行政区。
五是保持稳定与动态调整的关系。主体功能区一经确定，不能随意更改。禁止开发区域要严格依法保护；限制开发区域要坚持保护优先，逐步扩大范围；重点开发区域可根据经济社会发展和资源环境承载能力的变化，适时调整为优化开发区域。
六是处理好国家级主体功能区和省级主体功能区的关系。国家级主体功能区不覆盖全部国土，省级主体功能区要全覆盖本省国土。在我省行政区内被国家确定的主体功能区，在确定我省主体功能区时，要保证其类型、数量、位置和范围的一致性。
三、编制全省主体功能区规划的主要任务
我省主体功能区规划由省主体功能区规划编制工作领导小组会同各市、县政府编制，规划期至2020年，并通过中期评估实行滚动调整。各市、县不编制本级主体功能区规划，主要是配合国家有关部委和省政府做好国家层面和省级层面主体功能区的编制及落实工作。主体功能区规划编制工作，主要包括分析评价国土空间、划分主体功能区、完善分类管理的区域政策三个方面的内容。
