（二）资金管理
新型农村合作医疗基金实行专户储存、收支两条线封闭式管理，主要用于住院医疗费用补偿、慢性病门诊医疗费用补偿、住院分娩补偿等，任何单位和个人不得挤占挪用。
建立新型农村合作医疗风险基金，由试点县（市） 每年按3%从筹集的合作医疗基金中提取。具体按照《财政部、卫生部关于建立新型农村合作医疗风险基金的意见》（财社〔2004〕96号）执行。
（三）定点医疗机构
新型农村合作医疗定点医疗机构在非营利性医疗机构中选定，由医疗机构提出申请，县（市）合管办审核，县（市）新型农村合作医疗管理委员会批准，并签定医疗服务协议书，同时接受合管办的动态监管、定期考核。
定点医疗机构必须遵守新型农村合作医疗各项管理制度和规定，严格执行《新型农村合作医疗基本用药目录》，切实做到因病施治、合理检查、合理用药、合理治疗、规范收费。
（四）补偿报销程序
参合农民住院治疗费用的补偿报销程序，按试点县（市）制定的方案执行。各试点县（市）要坚持便民利民宗旨，制定补偿方案、报销流程及转诊程序，明确参合农民在县级及县级以下医疗定点机构就医实行当场报销，县级以上非营利性医疗机构发生的医疗费用按规定先垫付后报销。
三、组织管理与监督
（一）加强领导，组建机构
市人民政府成立由卫生、财政、农业、民政、审计、扶贫等部门组成的农村合作医疗工作领导小组，主要负责对全市新型农村合作医疗工作进行宏观指导，定期召开领导小组会议，研究和解决新型农村合作医疗试点工作中出现的重大问题。
各县（市）人民政府成立由卫生、财政、计划、农业、民政、扶贫等部门和参加合作医疗的农民代表组成的农村合作医疗管理委员会，负责组织、协调、管理和指导工作，委员会下设管理办公室（中心）。同时各县（市）人民政府应成立由纪检、监察、审计、财政等部门组成的新型农村合作医疗监督委员会，负责监督、审查本县（市）新型农村合作医疗工作运行情况。
市、县两级新型农村合作医疗经办机构工作经费按规定列入同级财政预算，不得在合作医疗基金中提取。
（二）明确职责，强化协作
卫生部门负责新型农村合作医疗试点工作的具体指导和组织实施；财政部门负责新型农村合作医疗基金使用的管理和监督；人事、编制部门负责合作医疗经办机构及人员的核定；公安部门负责参合人员的户口界定；农业、文化、广播电视部门负责新型农村合作医疗试点工作的宣传发动；民政、扶贫、残联、人口计生等部门负责重点优抚对象的核定；物价部门负责对定点医疗单位收费标准进行监督检查；药监部门负责整顿农村药品流通程序，净化农村医药市场；监察、审计部门负责对合作医疗基金收支、运行、补偿情况进行监察和审计。各级各有关部门要各司其职，各负其责，密切配合，形成合力，共同推进新型农村合作医疗制度的建立与完善。
