各级合作医疗经办机构要本着“严格审核、快速高效、简化手续、方便操作”的原则，采取切实有效措施，简化报销程序，缩短报销时间。县级合作医疗机构要制订合理、方便、快捷的报账程序，精心设计补偿费用报账流程，加强对各个报销环节的管理，严格规定审查报账各环节工作日数，按规定及时为农民办理医疗报销手续，切实提高审核报销效率。各级定点医疗机构必须要设立减免报销窗口，实行现场减免制度，避免出现农民为了报销医疗费而到处跑，甚至花费超过药费的现象发生。各级乡镇合作医疗机构要切实履行职责、发挥作用，从2007年起对乡、村定点医疗机构的门诊医药费用以及住院医药费用500元以下的直接进行审查报销，上报县合作医疗机构备案拨款。县级合作医疗机构要加强督查工作力度，对乡镇合作医疗机构实行动态管理。对于外地就读的学生等“双保单”人员，可采取复印件报账等便民措施，最大限度地方便于民。对外地就诊的农民要给予最大限度的方便，尽量简化报销程序，缩短报销时间，不要因工作的生搬硬套，打击了农民对新型农村合作医疗信心，影响参合积极性。
加强信息化建设和人员培训工作，切实提高新型农村合作医疗管理能力。各试点县要加快新型农村合作医疗信息管理系统建设工作，解决单位建设所需的经费，以提高工作效率和质量。要继续深入开展对基层干部和管理人员的政策培训，加强对工作人员的财务、信息管理、医疗机构监管等业务培训，努力形成一支新型农村合作医疗工作的专业化队伍。
九、建立健全监督体系，加强监督与检查
各试点县要逐步建立完善合作医疗财务管理制度、审核报销制度，健全内部审计稽核制度，形成相互制约、相互监督的内部控制与监督制度。同时，加强外部监督力度，经办机构要定期向新型农村合作医疗监督委员会汇报试点运行情况，主动接受人大、政协的监督，自觉接受审计部门监督检查，定期或不定期向社会公布合作医疗运行情况和基金收支情况，主动接受社会监督。逐步形成以农村合作医疗监督委员会监管为主，内部监督、财政监督、审计监督以及社会监督有机配合的新型农村合作医疗监管体系。各级新型农村合作医疗各成员单位要在试点工作中，加强督查和指导，逐步健全新型农村合作医疗监测报告、信访举报、监督检查、案件查处等监督管理制度。对违反新型农村合作医疗政策，尤其是强迫农民参合，虚报参合人数，挤占、挪用、冒领、套取基金的行为要及时纠正，严肃查处，决不姑息。
