各级人民政府要依法对本行政区环境质量负总责，政府是城镇污水处理的责任主体，要建立政府领导、各部门分工负责、公众参与的城镇水污染防治工作机制。
各级发展改革行政主管部门要将城镇生活污水建设项目纳入国民经济和社会发展规划，做好项目的规划和审批工作，争取国债资金，做好项目前期工作；建设行政主管部门要认真抓好项目的建设和运营监管工作，监管城镇排水与污水处理系统正常运行，负责污水资源化的统一规划和实施；环境保护行政主管部门要依法监督检查城镇污水处理厂的污水处理质量，对排放不达标的依法进行查处；水利行政主管部门要严格执行入河排污口同意制度，对污水处理厂排污口设置进行论证，确保污水处理厂排污口设置符合水功能区划、防洪规划的要求，加强自备水源管理；价格行政主管部门及财政部门要落实收费政策，加强价格监管；监察部门要对污水处理设施建设、管理和监管实施监察，严肃查处违纪违规行为；审计部门要加强对污水处理项目建设情况和污水处理费的征收、使用情况的审计，严肃查处截留和挪用专项资金的行为，防止损失浪费。其他各有关部门要各司其职，协调一致，共同把城镇污水处理基础设施项目建设和运营的各项工作真正落到实处。
三、创新污水处理厂建设与管理机制
创新污水处理厂建设机制。各级人民政府作为城镇环保基础设施建设的重要投资主体之一，要继续加大政府投入力度，省级有关部门要加强督促配套资金落实到位。要把污水处理设施作为重点工程，城建资金要优先安排污水处理厂配套管网建设，国有土地使用权出让收入用于城市建设支出的资金，要安排部分用于城镇污水处理设施建设。鼓励污水处理设施使用国内银行贷款、国外政府贷款和国际金融组织贷款，条件成熟的地区可以尝试以发行市政债券、建立行业基金等方式进行城镇污水处理设施建设融资，积极推进城镇污水处理厂项目代建制。
创新污水处理厂管理机制。认真落实《四川省人民政府办公厅印发四川省建设厅等部门〈关于进一步深化市政公用行业改革的意见〉的通知》（川办发〔2006〕50号）精神，深化城镇污水处理厂管理体制改革。鼓励各地以资源为基础、以资本为纽带组建供水排水一体化的企业集团，鼓励社会资本特别是专业性公司参与城镇污水处理厂建设和运营，积极推进城镇污水处理厂特许经营制度，要以招、拍、挂等方式确定经营者。进一步分清和明晰政府各职能部门与经营者的关系，实行政企分离，建设部门与污水处理运营单位签订特许经营协议，明确协议双方的权利与义务。对暂不具备条件实行特许经营的城镇污水处理运营单位，可在核定实际污水处理量及处理成本的基础上由建设部门与运营单位签订委托经营协议及污水处理厂服务合同。2008年3月底前全面完善现有城镇污水处理厂的企业化经营规范，使其真正成为多元化投资、产权清晰、独立核算、自主经营的市场主体。
