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1.工业源：占各市（州）污染物排放量65%的污染源、集中污染治理设施，同时采用现场监测和物料衡算与排污系数等方法并按照规定程序核定污染源排放量。
对其他工业源，采用分类抽样监测的方式核对物料衡算与排污系数测算的污染物排放量。对污染物排放量小、排放形式简单的，也可以用排污系数法直接计算排污量。
2.农业源：采取面上调查和分类抽样实地监测相结合的方式，结合全国农业普查结果和有关农业统计资料，测算全省的农业面源污染情况。
3.生活源：第三产业中的调查单位采取面上对基本情况进行调查，结合分类抽样监测与排污系数测算的方法核定污染物排放量。
居民生活污染调查根据统计人口、生活用水量、能源结构和消耗量，通过排污系数测算污染物的排放量。
普查工作按属地管理的原则进行，所有法人单位、产业活动单位、个体经营户一律按经营所在地进行普查。
（二）普查步骤。
1.准备试点阶段（2006.10-2007.12）：成立机构，落实人员、经费，开展宣传，组织动员；制订普查实施方案、技术规范；建立数据库与普查软件的应用平台；普查表格填写、普查软件和数据库的使用、普查数据录入等普查技术的学习与培训；各级监测站开展重点污染源监测；普查试点。
2.清查阶段（2007.10-2007.12）：参考工商企业名录、经济普查产业活动单位名录、中小企业名录、本地污染源监管记录等信息，按行政区域逐户发表清查。清查所需基础资料由各地普查机构中相关成员单位（工商局、统计局、发展改革委、环保局等）共同提供。可以按街道（社区）、村（镇）划分清查区域，对清查区域内的各类产业活动单位、机关、事业单位、学校等清查对象逐一登记造册并组织复查工作。登记和复查工作结束后，各区（市、县）普查机构要组织力量进行事后质量抽查工作。
3.全面普查阶段（2008.1-2008.12）：
填报阶段（2008.1-2008.6）：各级普查办公室会同有关部门组织力量开展对普查对象的入户调查，组织指导普查对象填报普查表，完成审核、录入工作，建立污染源档案，省级进行审核与验收。
汇总阶段（2008.6-2008.7）：2008年7月底前省普查领导小组办公室负责将全省污染源普查数据汇总，经省普查领导小组审查报国务院第一次全国污染源普查领导小组办公室。
报告编制阶段（2008.7-2008.12）：各级普查办公室对汇总数据进行校核、加工、分析， 形成总体报告。
4.总结发布阶段（2009.1-2009.7）：建立全省污染源数据库，上报和发布普查
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