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1.重点工业源。对此类污染源进行详细调查。
（1）有重金属、危险废物、放射性物质排放的所有产业活动单位；
（2）11个重污染行业中的所有产业活动单位；
（3）16个重点行业中规模以上企业（除11个重污染行业外，污染物排放量占全国工业污染物排放总量1%以上的行业）。
2.一般工业源。除重点污染源以外的工业企业。这类企业数量多，且大部分规模小、污染物排放总量少，对这类污染源进行简要调查。
（二）农业污染源。主要普查第一产业中的农业（种植业）、畜牧业（畜禽养殖业）和渔业（水产养殖业）。种植业主要是谷物、油料、豆类作物、棉、麻、蔬菜、花卉、茶、果类及中药材的种植等。畜牧业和渔业源普查范围以人工养殖为主，主要针对规模化畜禽养殖场、养殖小区和养殖专业户，淡水养殖场等。
1.种植业。
（1）分散农户：各乡镇内种植粮食作物（包括谷类、薯类和豆类）、经济作物（包括水果、花卉、油料、糖料以及棉、麻、茶、烟草、中药材等）和蔬菜作物（包括叶菜类、瓜果类、茄果类、根菜类、豆类、花菜类）的分散农户以及耕地面积在10000亩以下的农场。
根据《全国农业污染源普查技术规定》，确定本次分散农户普查的抽样比例。
1个分散农户一般有多个分散地块，可调查其中面积最大或最具代表其种植水平的1个地块或棚室。
（2）规模化农场：种植粮食作物（包括谷类、薯类和豆类）、经济作物（包括水果、花卉、油料、糖料以及棉、麻、茶、烟草、中药材等）和蔬菜作物（包括叶菜类、瓜果类、茄果类、根菜类、豆类、花菜类）的，且耕地面积在10000亩以上的农场。
所有的农场都进行调查。每个农场可调查6-10个具代表性的地块或棚室。
2.畜禽养殖业。
（1）规模化畜禽养殖场：饲养猪、奶牛、肉牛、蛋鸡和肉鸡，具有一定规模并经有关部门批准的具有法人资格的畜禽养殖场。
规模化畜禽养殖场全部普查。
养殖规模规定如下：猪≥100头（出栏），奶牛≥20头（存栏），肉牛≥50头（出栏）、蛋鸡≥2000羽（存栏）、肉鸡≥10000羽（出栏）。
（2）畜禽养殖小区：指在适合畜禽养殖的地域内建立的有一定规模的较为规范、严格管理的畜禽养殖基地。基地内养殖设施完备，技术规程及措施统一，由多个养殖业主进行标准化养殖。
畜禽养殖小区全部普查。
（3）畜禽养殖专业户：除规模化畜禽养殖场、畜禽养殖小区以外，饲养猪、奶牛、肉牛、蛋鸡和肉鸡并达到一定养殖规模的畜禽养殖户：猪≥50头（出栏），奶牛≥6头（存栏），肉牛≥11头（出栏）、蛋鸡≥500羽（存栏）、肉鸡≥2000羽（出栏）。
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