2、对民办教育没有科学规划，扶持力度不大。首先对发展民办教育缺乏整体、连贯的思路和统筹规划，在将民办教育机构纳入学校布局方面，没有很成熟的考虑。其次县（市、区）政府没有按《民办教育促进法》中的规定设立扶持民办教育发展专项资金，制定促进民办教育发展扶持奖励措施等方面也没有得到很好落实。相关部门在具体实施过程中对真正意义上的民办学校扶持力度相对较弱，对民办学校与公办学校不能做到一视同仁。特别是在国家对义务教育阶段学生全部免收学杂费和对贫困生进行补助的政策下，我市把民办学校中的义务教育阶段学生排除在外，民办学校及群众反响强烈，感觉明显不公平。
3、部分民办学校办学行为不规范，办学机制缺乏有效监督。一是办学行为欠规范。在全市49所含“民”性质的学校中，有的没有按照独立法人、独立校园、独立基本设施、独立经费核算、独立招生、独立颁发学业证书“六独立”的要求办学，这类学校校舍、设备是国有资产，教师是财政发工资，学校收费又高于公办学校，过多的办学结余用于分红。如于都县城民办初中学校多于公办初中学校，民办学校初中生多于公办学校初中生，这种现象不符合《
义务教育法》规定的义务教育阶段以政府为主办学的要求。二是缺乏有效的监控机制。有的学校没有依法成立理事会和董事会，有的成立了也是名存实亡，对校长起不到监督作用，部分学校财务管理混乱，收支账目不清；大多数学校没有按照《
民办教育促进法》中的要求进行资产和财务管理，制作的财务会计报告没有按要求进行审计，并公布审计结果；学校没有充足的公用经费用于学校的建设、维护和教学设备的添置更新，影响了民办学校持续稳步发展；有些民办学校缺少长期办学思想，只顾眼前经济利益，不重视办学投入。三是民办学校的产权不明晰，使政府无法在资产归属方面对学校实施“依法管理”。投资人合理回报没有具体规定，影响了投资者投资办学和扩大投资的积极性，使办学短期行为无法很好得到控制。
4、缺少一支稳定的、高水平的教师队伍。民办教育发展的最大难题是优秀师资的缺乏，目前我市民办教育与公办教育之间，有利于师资合理流动的“立交桥”尚未建立，民办学校任课教师流动性大，影响了教育教学秩序的稳定和质量的提高。骨干教师和学科带头人几乎没有，教学质量受到影响。民办学校教师在教师资格认定、职称评定、业务培训、教师调动、表彰奖励、社会活动等方面很难与公办学校享有完全同等权利，使民办学校工作的教师仍有“低人一等”的心态。
