农机部门负责机械化秸杆还田，家用秸杆气化机具的示范和推广等综合利用工作。
建设部门负责指导编制村镇建设规划，促进居民向社区适度集中，实施适度基础设施建设，推广适宜农村的生活废水、污水处理方式。
水利部门负责指导农村河道清淤、疏浚和农村改水工程，并会同建设、环保部门加强河道、塘坝水源保护。
城管部门负责建立适宜农村居民环境卫生管理模式和农村生活垃圾处置方式。
卫生部门会同农林、建设部门负责指导农村改厕、改厨、改圈工作。
交通部门负责农村道路通达工程建设。
科技部门负责农村环境保护新技术的开发和推广。
财政部门负责整治工作的经费安排与使用监管。
六、保障措施
（一）加强领导。各级党委、政府要统一思想，提高认识，把农村环境综合整治作为社会主义新农村建设的重要内容，纳入社会主义新农村建设考核评价体系，建立严格的工作责任制，实行各级政府行政首长负责制，逐级分解任务，落实具体措施，一级抓一级，层层抓落实。各相关职能部门要通力合作，将农村环境综合整治工作列入重要议事日程，各级环境保护部门要安排专人专职负责农村生态环境综合整治工作。各地要建立村镇行政负责人为首的农村环境保护管理机构，乡镇至少配2名专职环保管理人员，行政村至少配备1名环保管理人员，负责生活垃圾和全村环境监督管理。乡镇和村环保管理人员负责制定本辖区环境综合整治方案，并组织实施。切实加强考核监督。明确相关部门和负责人员的工作职责，把农村环境综合整治业绩作为考核各级领导干部政绩的重要内容和奖惩的重要依据。建立环保专职人员工作责任制，专职环保人员的考核收入必须与工作业绩挂钩。要鼓励村镇居民进行社区环保工作的监督、举报，制订奖惩办法，鼓励先进，鞭策落后。
（二）完善农村环境保护政策体系。一是完善农村环保规章。按照农村环境综合整治的要求，健全农村环境保护、农村卫生管理的有关制度。根据条件制定农业投入品控制、秸秆综合利用、畜禽粪便、生活垃圾和生活废水无害化处理、资源化利用，农村河道、村容村貌和农村工业污染管理等方面的规定和标准，使农村环境管理步入法制轨道。二是加紧制定配套政策，特别是各种经济激励政策。主要有：按照整治效果对企业和农民的后奖励和后补助，对环境治理和废弃物资源化利用专业企业在土地利用、信贷和税收管理、从业人员就业和保险等方面的政策支持，对无公害、绿色及有机农产品生产销售的扶持鼓励政策，对农村环境综合整治重大工程项目、公益型基础工程项目的优先和高强度财政扶持，对相关科研和科技开发项目的立项政策倾斜，对欠发达地区农村环境整治工作的财政支持倾斜等等。三是加大执法力度。建立、健全农村环境管理机构和环保机构，提高环保执法人员素质和执法能力，加强基层环保机构管理能力建设，建立村镇专职监管员队伍，配置必要的设施条件，健全监管制度，定期开展培训，全面推行行政执法责任制和责任追究制，规范执法部门和执法人员的行政执法行为，真正做到有法必依，违法必究，执法必严。到2010年，基本建立起比较完善的农村环境保护制度和农村环保执法体系。
