增值税一般纳税人凡是已安装使用防伪税控系统的，自安装使用之日起，必须通过防伪税控系统开具专用发票，不得以其它方式开具手工版或电脑版（包括万元版以下）专用发票。在规定期限内尚未使用完的专用发票（包括误填作废的专用发票），由主管国税机关负责及时缴销或审验，缴销或审验时限不得超过次月的纳税申报期。
五、认真把好进项税额抵扣关。对商贸流通取得的价税合计金额在5万元以上的专用发票抵扣联，必须要有相应的银行付款凭证才可准许抵扣。对商贸流通企业因进项税额大造成纳税异常而无正当理由的，除停供专用发票外，还实行“先核后抵”的办法，暂停其进项税额抵扣，并发函给销货方单位主管国税机关协查。协查期间。暂停抵扣的进项税额应在企业有关帐务上反映。具体的帐务处理，在财政部、国家税务总局没有明确规定前，可在“待摊费用”科目下增设“待抵扣进项税额”子目录，反映企业暂时不能抵扣的进项税额，并在每月报送的纳税申报表上说明待抵扣进项税额的数额。暂停抵扣的进项税额经查实后按有关规定处理。
增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的专用发票抵扣联，应根据增值税有关规定核算当期允许抵扣的进项税额，如期申报纳税。属于扣税范围的，主管国税机关必须进行认证。经国税机关认证为“无法认证”、“认证不符”以及“丢失被盗”的专用发票，企业如已申报扣税的，应调减其进项税额，对“认证不符”和“丢失被盗”的专用发票税务机关应及时组织查处。主管国税机关对认证相符的专用发票应盖上“已认证”的签章。对暂认定为一般纳税人的商贸流通企业取得的防伪税控系统开具的抵扣联，必须在申报抵扣前进行认证。
六、强化增值税一般纳税人的日常稽核。各基层征收单位要充实稽核系列的人力，明确岗位职责，建立制约机制，保证日常稽核工作的正常有效开展。各级流转税管理部门要加强对基层征收单位稽核工作的指导检查。要按照有关规定，强化和改进对增值税一般纳税人的日常稽核工作，尤其是要加强对商贸流通企业、出口供货企业、自营出口或委托出口企业和大量从敏感地区购进货物企业的日常稽核。要按照国家税务总局印发的《增值税日常稽核办法》（省局以粤国税发［1998］147号转发）的要求，定期对企业纳税申报资料进行审核，对销售额变动比率和税负率等指标有异常的企业，稽核部门应向其发出纳税质询，对纳税申报异常得不得合理解释的，应由稽核部门作进一步的检查，达到立案标准的涉税案件，应按有关规定移送稽查部门进行重点稽查。稽查部门依法查处后，必须将结果报送稽核部门。销售额变动率、税负率异常的标准由各地级以上市国家税务局根据各地实际确定。
