（1）2008年1月至4月，普查员和普查指导采取分组、分区域、分行业、分类型、分片区包干的方法，对排污企业和普查对象实施现场调查，4月完成入户调查。
（2）2008年1月至5月，市、区普查机构审核、填报普查表和进行数据录入，5月上旬各区要完成辖区普查数据汇总和上报工作。
（3）在普查实施全过程中，市普查机构将组织对各区普查质量进行检查、审核、监控和验收，对抽查不合格的地区要重新进行普查。
（4）2008年6月底前，市普查领导小组办公室负责将本市污染源普查数据审核和汇总，报省级普查领导小组办公室。
（5）配合省普查领导小组办公室对我市污染源普查数据进行抽查，基本完成全省污染源普查数据的审核和汇总。
3、总结发布阶段（2009年1～7月）
（1）市、区普查机构对污染源数据进一步校核、汇总，建立和完善市、区污染源数据库，建成污染源管理信息系统，编制工作总结和技术报告；发布普查结果，开发利用普查成果。
（2）各区普查机构进行工作总结和技术总结，开展自下而上的验收和评比，召开污染源普查总结表彰大会。
四、普查组织及实施
（一）基本原则：统一领导，统一部署，分工协作，分级负责，各方参与。
（二）组织机构
市政府成立第一次全国污染源普查领导小组，负责普查的组织和实施工作，普查领导小组办公室设在市环保局，下设综合协调组、监测与技术组、现场调查组（工业污染源普查组、生活污染源普查组、集中式污染治理设施普查组）、农业污染源普查组、数据信息处理组和宣传与保障组等六个组。负责普查工作的具体计划、组织、实施、协调、业务指导、督促检查和保障等工作。办公室各组人员主要由市环保局和相关部门处室抽调人员组成，主要职责是：
1、组织拟订厦门市第一次全国污染源普查实施方案，经市普查领导小组审定后组织实施。
2、贯彻落实全国污染源普查行政法规，根据国家、省总体技术方案，组织制定全市污染源普查相关的实施细则及各阶段工作方案。
3、组织开展全市污染源普查工作的宣传报道和培训；负责污染源普查经费落实、使用以及普查后勤保障工作。
4、组织实施全市污染源普查工作，对各区污染源普查工作进行业务指导、督促检查、质量控制和验收。
5、建立污染源档案，负责相关软件的运用和数据库的建设，组织普查成果的开发应用，普查完成后编制《厦门市第一次全国污染源普查成果汇编》。
