第四十六条 违反本条例第十八条、第十九条规定的，由航务管理机构责令限期清除；拒不清除的，由航务管理机构先行清除，所需费用由违法者承担，处清除费用2倍的罚款。
第四十七条 违反本条例第二十条第一款规定的，责令停止施工；违反第二款规定，造成航道及航道设施损害的，由航务管理机构责令限期恢复；拒不恢复的，由航务管理机构先行恢复，所需费用由违法者承担，处恢复费用1倍的罚款。
第四十八条 违反本条例第三十四条规定的，由渡口所在地县级人民政府指定的部门责令停止违法行为，处50元以上500元以下罚款。
第四十九条 违反本条例第三十五条第三款、第三十六条第一款规定的，由县级以上人民政府指定的部门责令停止航行，处50元以上500元以下罚款；拒不停止航行的，暂扣船舶。
第五十条 违反本条例第三十七条规定的，由海事管理机构按照下列规定予以处罚：
（一）未经安全论证或者不符合安全条件从事漂流活动、未经批准在通航河流上从事漂流活动的，责令停止漂流活动，处1万元以上3万元以下罚款；
（二）漂流艇筏未持有船舶检验证书或者未依法配备漂流艇筏船员或者护航员的，责令停止漂流，处5000元以上2万元以下罚款；
（三）聘用未持有适任证件的人员担任漂流艇筏船员或者护航员的，责令停止漂流活动，对聘用单位处2000元以上1万元以下罚款；未持有适任证件担任漂流艇筏船员或者护航员的，责令离岗，处100元以上500元以下罚款。
第五十一条 违反本条例第四十一条第一款规定的，由海事管理机构责令改正；逾期不改正的，强制清除，清除费用由所有人或者经营人承担，处1000元以上5000元以下罚款。
违反本条例第四十一条第二款规定的，由海事管理机构没收抬网、拦河捕捞网具，处500元以上2000元以下罚款。
第五十二条 违反国家规定，逾期未缴纳港务费、船舶停泊费的，按日加收1‰的滞纳金；情节严重的，暂扣许可证。
第五十三条 交通行政主管部门、海事管理机构和航务管理机构的工作人员违反本条例规定，滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊、索贿受贿，尚不构成犯罪的，依法给予行政处分。
