经贸部门负责农村食品流通环节的行业指导和管理，负责畜产品屠宰行业的监管，依法取缔非法屠宰行为。
农业部门负责初级农产品生产环节和农业投入品的监管，加强农业技术指导和培训。
水利和渔业部门负责水产品养殖环节的监管，普及推广科学养殖技术。
畜牧部门负责畜禽养殖、屠宰环节的监管。
质监部门负责农村食品生产加工业的监管；负责对取得生产许可证食品生产企业的日常监管，查处无证生产和制造假冒伪劣、有毒有害食品行为，大力整顿和规范农村非直接入口食品小作坊。
工商部门负责农村食品超市、批发市场、集贸市场、食品商店和流动食品摊点的监管，查处销售假冒伪劣食品和过期变质食品的违法行为，开展农产品批发市场、农贸市场等流通领域的食品质量安全快速检测。
卫生部门负责农村餐饮业、食堂、自办集体宴席等消费环节的监管，加强对基础卫生条件、生产经营人员卫生和食品卫生质量的监督检查。
质监、工商、卫生等部门共同负责即产即售即食固定食品摊点和直接入口食品小作坊的监管。
食品药品监管部门负责对农村食品安全的综合监督、组织协调和依法组织查处重大食品安全事故，指导乡镇建立食品安全协调机构，建立食品安全责任制和责任追究制，会同有关部门开展农村食品安全综合执法和联合执法。
各有关行业主管部门和行业协会按照各自职责，负责做好种植养殖、生产加工、流通消费等环节的行业管理工作。
三、强化措施，保证农村食品安全
按照既管好又便民的原则和标本兼治、着力治本、突出重点、带动全面的工作思路，以促进农村食品产业发展、保障农民身体健康和生命安全为目标，坚持“疏、堵、监、帮”相结合，采取切实可行的措施，全面提高农村食品安全保障水平。
（一）推行新型种植养殖模式，治理食品源头污染。 加强对农民的技术培训和指导，推广普及先进农业生产技术，引导农民科学种植养殖。积极推进规模化、专业化和标准化生产，大力发展包括各类专业协会在内的专业合作经济组织，推广“公司＋基地＋农户”等农产品种植、养殖组织模式；充分发挥龙头企业实力雄厚、生产经营网络健全、规范化标准化程度高的优势，通过农工商联合，鼓励分散的食品生产经营户组织起来，形成企业与农户之间利益共享、风险共担的经济共同体，提高农户抗风险能力，实现从“源头”上对食品安全的有效控制。继续推进“无公害食品行动计划”，加强无公害农产品专营市场、专营区、专营柜建设。深入开展农药及农药残留、兽药及兽药残留、畜产品违禁药物滥用、水产品药物残留专项整治工作，加快对高毒高残留农业投入品的禁用、限用和淘汰进程；推广使用高效低残留农药、无公害农药和兽药、无污染添加剂、优质肥料等农业投入品；普及农业投入品安全使用知识，指导农民科学用药、合理施肥。
