搞好畜禽养殖场达标治理和畜禽粪便综合利用。贯彻实施《
上海市畜禽养殖管理办法》，根据郊区畜禽养殖规模和区位，合理布局，加大规模化、生态化、集约化、标准化畜禽养殖场建设力度；加强畜禽养殖场的执法监管，严格核发规模化畜禽养殖场排污许可证和动物防疫合格证；加强依法管理，促进畜禽养殖场污染达标治理，控制畜禽污染；进一步建立和完善畜禽粪便收集处置系统，开展以农村循环经济理论为指导、以生态种养结合为主要模式的畜禽粪便综合利用生态工程，推进畜禽粪便规范化还田，实行资源化综合利用。
农业面源污染治理。推广生态农业发展模式，推动化肥、农药品种结构和施用技术的改进，鼓励使用有机肥料和生物农药，减少化肥、农药施用量，优化农田土壤结构；大力推进农作物秸秆还田，提高综合利用水平，扩大农田秸秆禁烧区域；制定并实施农业面源污染控制最佳管理措施，有效降低农业面源污染负荷，改善农业生态环境。到2010年，全市氮化肥亩使用量比2005年减少15%，中高毒化学农药使用量减少10%。
加强土壤污染防治与农产品产地环境监管。重视土壤污染问题，开展土壤环境质量调查，建立土壤环境质量监测网络。对污染企业搬迁后的原址进行土壤污染风险评价和修复，建立土壤污染修复示范工程；加强农产品基地环境监管，严格监控环境质量，建立环境监测和质量评价体系。
（三）自然生态保护
自然保护区建设与管理。进一步提高已建自然保护区管理水平和建设质量，严格执行相关法律法规，加强自然保护区联合执法检查和日常管理，确保重点野生动植物物种能够得到有效保护。按照国家级自然保护区规范化建设要求，加大对崇明东滩和九段沙自然保护区的保护力度。
湿地资源保护。妥善处理好湿地资源保护与开发利用的关系，对长江口、杭州湾边滩湿地资源进行科学划分和分类动态管理，协调湿地资源开发行为。通过建立湿地公园、湿地湖泊等方式，对受损湿地生态系统进行功能补偿与修复。控制内陆湖泊湿地环境质量下降趋势，结合湖泊、河道的环境综合整治，改善湿地生境条件。
生物多样性保护。开展全市的生物多样性调查与评估，建立生物多样性综合信息库。加强外来物种监管，建立外来生物引种程序和审核制度，防范外来物种入侵，保护本地生物多样性。
海洋生态保护。加强海洋生态环境保护，提高外排污水处理水平，削减陆域污染物入海量，加强港口和船舶油类污染物的治理，建立近岸及海岸带生态环境质量监测网络和预警机制，建立海洋环境事故的应急系统，提高事故处理能力。
（四）崇明生态岛建设
围绕崇明生态岛总体规划目标和功能定位，研究建立符合国际生态建设潮流、接轨国际标准、得到国际社会认可的生态岛建设指标体系，科学评估生态岛建设进程。编制完善生态岛环境保护规划，全面落实环境污染源整治计划和生态建设任务，大力推进现代化生态岛区建设。
环境基础设施建设。按照集中处理与分散处理相结合的原则，新城、综合型新市镇和工业园区大力推进城镇污水处理厂建设，完善污水收集管网；在休闲型新市镇、中心村和旅游景区探索建设生态化污水处理设施，并配套建设相应的污水收集管网。到2010年，三岛的城镇污水处理率达到60%。辟建崇明三岛固体废物集中处置区域，建设集约化环保产业园，实现三岛固体废物的安全、有效、无害化处置。
生态林地系统建设。在三岛地区构建完善的生态林地体系，重点推进环岛防护林、道路防护林、工业区隔离带、水源涵养林和旅游区景观林的建设。
生态农业建设。积极倡导生态农业，将循环经济理念应用于农业生产系统，减少生产过程中的资源、能源的投入量和废弃物的排放量，形成资源共享、副产品互换的产业共生组合。
生态村建设。积极落实“农村小康环保行动计划”，以改善农村生产、生活环境，培育农村生态文明为目标，有重点、有步骤、有层次地推进生态村建设。
五、推动循环经济发展，建设环境友好型城市
强化资源节约和环境友好的意识，按照建设国家循环经济试点城市的要求，有序推进本市循环经济发展，切实转变经济增长方式，实施产业结构战略调整，全面推行清洁生产，提高环境准入标准，提高资源利用效率。到2010年，全市万元生产总值用水量下降16%。
（一）大力促进循环经济发展
认真贯彻《
国务院关于加快发展循环经济的若干意见》，结合实际，从生产消耗、生活节能、废物利用、无害化处理和社会消费等环节入手，依靠科技进步，努力突破制约循环经济发展的技术瓶颈，优化循环经济的发展环境，提高资源利用效率，切实促进循环经济发展。
按照“资源集约使用、产品互为共生、废物循环利用、污染集中处理”的模式，在巩固和完善本市循环经济试点基础上，制定工业园区循环经济发展指南，探索新型工业化道路。大力开展工业园区或工业企业的循环经济试点，建立循环经济示范产业园区。
（二）全面推行清洁生产和清洁能源
贯彻《
清洁生产促进法》和《关于加快推行清洁生产意见的通知》、《关于落实＜清洁生产促进法＞的若干意见》，加强清洁生产实施的监督，巩固和推进本市清洁生产试点工作。大力推进工业企业清洁生产，对资源浪费、污染严重的企业依法开展清洁生产强制性审核。通过推行清洁生产，促进企业污染物稳定达标排放。
全力以赴增加天然气资源，建立天然气主干管网系统，逐步形成多气源供应格局。积极发展可再生能源和替代能源，重点发展风能和太阳能，加大生物质能的研发和产业化力度。
（三）强化环境准入和淘汰制度
建立比较完善的产业淘汰和环境准入、能效评估机制，强制执行国家制定的《淘汰落后生产能力、工艺和产品目录》，加快淘汰高能耗、高污染、低效益的工艺、技术、设备和产品，控制高能耗、低附加值项目的准入，严格实施建设项目能耗审核制度。
提高工业用水重复利用率，建立高耗水行业用水限额制度，实行计划用水管理，在电力、冶金、化工等重点行业企业推广废水循环利用，加速淘汰劣势污染企业，大幅度降低工业废水排放强度。
