（四）坚持分类指导原则做好改革改制。各地要积极做好农业行政主管部门所属的国有种子企业剥离和产权制度改革工作，确保国有资产不流失。农业行政主管部门所属的种子生产经营机构属于事业单位性质的，应当剥离经营职能，整体转化为种子技术推广服务单位，或与种子管理、农业技术推广部门合并，不再从事种子生产经营活动。农业行政主管部门所属的种子生产经营机构属于企业性质的，要在清产核资的基础上，将人、财、物等生产要素整体移交同级国有资产监督管理机构管理，或采取整体出让的方式，与农业行政主管部门分开自主经营，或实行关闭注销。农业行政主管部门所属事业单位开办的种子生产经营实体，可以采用关闭、拍卖等形式剥离经营职能。
（五）做好政企分开的善后工作。各地要采取有效措施，做好政企分开后有关人员的善后工作。对分流的企业富余人员，可以采取多种方式妥善安置，重点做好分流人员的社会保险关系接续、辞退人员的经济补偿和自谋职业人员的优惠安置等工作，确保种子管理体制改革的顺利进行。对辞退的人员，国有种子公司要按照国家对企业与职工解除劳动合同的有关政策规定支付经济补偿金。对自谋职业和自主创业的人员，可按有关规定给予一次性自谋职业安置费。国有种子公司依法出售自有产权公房、建筑物收入，以及处置企业使用的划拨土地的收入，应优先用于安置职工和缴纳社会保险费。对国有种子公司的亏损应先清理，分析原因，分清责任，再根据实际情况由相关部门提出处理意见。此外，各地要积极做好脱钩过渡期的种子供应，避免出现种子公司脱钩后种子供应不足的问题。
（六）推进产权制度改革。与农业行政主管部门分开后的国有种子公司，要严格执行《
国务院办公厅转发国务院国有资产监督管理委员会关于规范国有企业改制工作意见的通知》（国办发〔2003〕96号）等有关规定，按照“归属清晰、权责明确、保护严格、流转顺畅”的要求，在确保国有资产不流失的情况下，通过产权转让、股份制改造、兼并、破产、出售等多种形式，加快改制重组。在改制过程中，要做好劳动关系处理工作，维护好职工合法权益。通过改革产权制度建立起“自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束”的经营机制，把种子生产经营企业培育成独立的市场竞争主体。
（七）强化内部管理。农业行政主管部门及其工作人员不得参与和从事种子生产经营活动，不得在种子企业中入股、参股。以前在股份制种子企业参股的所持股权要按国家有关规定全部退出。
