减免税审批部门对民政部门或残疾人联合会出具的书面审核认定意见仅作书面审核确认，但在日常检查或稽查中发现民政部门或残疾人联合会出具的书面审核认定意见有误的，应当根据《国家税务总局关于印发〈税收减免管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2005〕129号）等有关规定作出具体处理并及时将检查情况和处理结果上报市局，由市局统一将有关情况反馈给其他税务机关、民政部门或残疾人联合会。
如果纳税人缴纳的所得税属于其他税务机关征收的，主管税务机关应当将审批意见抄送所得税主管税务机关，所得税主管税务机关不再另行审批。
（五）主管税务机关在受理本条（二）、（三）项减免税申请时，可就残疾人证件的真实性等问题，请求当地民政部门或残疾人联合会予以审核认定。
三、退税减税办法
（一）增值税和营业税
增值税实行即征即退方式。主管税务机关对符合减免税条件的纳税人应当按月退还增值税，本月已交增值税不足退还的，可在本年度内以前月份已交增值税扣除已退增值税的余额中退还，仍不足退还的可结转本年度内以后月份退还。本年度应纳税额小于核定的年度退税限额的，以本年度应纳税额为限；本年度应纳税额大于核定的年度退税限额的，以核定的年度退税限额为限。纳税人本年度应纳税额不足退还的，不得结转以后年度退还。纳税人本月应退增值税额按以下公式计算：
本月应退增值税额＝纳税人本月实际安置残疾人员人数×县级以上税务机关确定的每位残疾人员每年可退还增值税的具体限额÷12
纳税人在缴纳增值税后，应当向主管国税机关报送《福利企业增值税退税计算表》（附件1），并依据《福利企业增值税退税计算表》填写《减免税申请审批表》和《退税申请审批表》，主管国税机关审核后予以退税。
营业税实行按月减征方式。纳税人应先至主管地税机关申请办理减免税认定手续，主管地税机关下达《纳税人减免税资格认定通知书》后，减免税款不征不退。纳税人每月办理纳税申报及减免税申报时，向主管地税机关报送《福利企业营业税减税计算表》（详见附件2）。本月应缴营业税不足减征的，可结转本年度以后月份减征。本年度应纳税额小于核定的年度减税限额的，以本年度应纳税额为限；本年度应纳税额大于核定的年度减税限额的，以核定的本年度减税限额为限。纳税人本年度应纳税额不足减征的，不得结转以后年度减征。纳税人本月应减征营业税额按以下公式计算：
