第五十六条 违反本条例规定，违法从事水上交通、水路运输及服务，港口生产经营，船舶设计、制造和维修，航道、港口建设和维护的生产经营单位，未建立健全安全管理制度，不具备经营、生产或者运行安全条件的，由县级以上航务海事管理机构责令其停业整顿、限期整改；逾期未达到安全条件或者在停业整顿、中止运行、限期整改期间擅自从事生产经营活动的，没收其违法所得，并处以5000元以上5万元以下罚款；情节严重的，可依法吊销其生产、经营许可证。
第五十七条 违反本条例第十七条规定，聘用无船员适任证书、适任证件的人员担任船员职务的，由县级以上航务海事管理机构责令其立即离岗，对直接责任人员处以2000元以上2万元以下罚款，对聘用单位处以1万元以上10万元以下罚款。
第五十八条 违反本条例第二十一条规定的，由县级以上航务海事管理机构责令停止航行或者作业，暂扣船舶或者浮动设施，对船舶、浮动设施的所有人或者经营人没收其违法所得，并处以2000元以上2万元以下的罚款；情节严重的，可依法没收其船舶或者浮动设施。
第五十九条 违反本条例第二十二条、第二十三条规定，船舶不具备安全技术条件从事货物、旅客运输，或者超限额载运货物、超定额载运旅客，由县级以上航务海事管理机构责令改正，并处以2万元以上10万元以下罚款；同时可依法对责任船员给予暂扣适任证书、证件6个月以上直至吊销适任证书、证件的处罚；对超载运输的船舶可实施强制卸载，因卸载而发生的卸货费、存货费、旅客安置费和船舶监管费等费用由船舶所有人或者经营人承担。
自用船舶所有人拒不进行自用船舶登记或者自用船舶不按照限定区域航行；超载、非法载客和从事营业性运输的，由乡（镇）人民政府责令其改正，并处以100元以上500元以下的罚款；情节严重的，可依法没收其船舶。
渔业船舶非法载客和从事营业性运输的，由县级以上航务海事管理机构或者渔政管理机构责令其改正，并处以200元以上2000元以下罚款。情节严重的，可依法没收其船舶。
第六十条 违反本条例第二十六条、第二十七条规定，无危险货物运输经营资质的企业、船舶从事危险货物船舶运输，船舶装卸、运输、储存剧毒危险货物和国家规定禁止船舶运输的其他危险货物的，由县级以上航务海事管理机构责令其停止作业或者航行，对负有责任的船舶所有人或者经营人处以2万元以上10万元以下的罚款；对责任船员给予暂扣适任证书、证件6个月以上直至吊销适任证书、证件的处罚。
第六十一条 违反本条例第二十八条的规定，从事餐饮娱乐服务的水上设施擅自占用航道、港口岸线，不按照规定的停泊区域和停泊方式停泊的；未按规定配备防污设备，造成严重污染的；从事水上娱乐或者游乐的其他水上设施擅自在通航水域内从事经营活动的，由县级以上航务海事管理机构责令其停止作业、限期整改；有违法所得的，没收其违法所得，并处以5000元以上5万元以下的罚款。
第六十二条 违反本条例第三十二条、第三十三条规定，非法从事船舶设计、制造和维修的单位或者擅自超越资质等级承揽船舶设计、制造和维修的单位，由县级以上航务海事管理机构责令其停止作业、限期整改；有违法所得的，没收其违法所得，并处以1万元以上5万元以下罚款；情节严重的，可依法吊销其生产许可证、设计资质等级证书；对直接责任人可予以暂扣资格证书直至吊销资格证书的处罚。
