指挥部各成员单位职责如下：
卫生厅：负责组织制订鼠疫防治规划、技术方案，统一组织实施鼠疫应急医疗救治工作和各项预防控制措施，并进行检查、督导；开展疫区卫生处理及爱国卫生运动，对疫情做出全面的评估，根据鼠疫防控工作需要，依法提出隔离、封锁疫区及跨省区联合应急处理等建议，经省人民政府批准后负责对社会及时发布鼠疫疫情信息。
经委：在重、特大疫情发生时紧急动用省级医药储备，迅速向疫区提供预防、控制疫情和诊治、消毒等方面的储备药品和器械；及时组织调运疫区人民生产、生活所必需的物资。
外事办：做好鼠疫应急处理的有关涉外事务，协助相关职能部门向外交部通报情况。
交通厅、青藏铁路公司、省民航局：按照《国内交通卫生检疫条例》及其实施方案，负责各自职责范围内的交通卫生检疫工作，组织做好站（场）内发生的鼠疫疫情应急处理工作，优先运送疫情处理人员、药品器械和有关物资。
出入境检验检疫局：涉及国境卫生检疫时，按《
中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则的规定办理。
农牧厅：负责做好疫区家畜的鼠疫动物病防疫和动物防疫监督工作。
商务厅：负责疫区重要生活必需品的应急供应工作。
林业局：负责疫区野生动物异常情况的监测，并在疫情发生时，协助做好疫情发生地的隔离工作。
公安厅：协助做好鼠疫疫区封锁，加强疫区治安管理和安全保卫工作，协助开展交通检疫、堵截鼠疫患者及染疫物品。
工商局：加强市场监管，严防哄抬物价抢购物资，严厉查处集贸市场上非法收购、出售和加工旱獭等鼠疫宿主动物及其产品的单位、个人。指导集贸市场开办者和有关动物及产品经营者搞好自律管理。
财政厅：做好鼠疫控制应急资金的安排并及时拨付，加强资金管理监督。
民政厅：对符合救助条件的鼠疫患者提供医疗、生活救助。
科技厅：协助提供鼠疫疫区处理所需技术，支持相关科学技术研究。
教育厅：对学生进行鼠疫防治知识宣传教育，协助做好疫情处理工作。
省委宣传部：按照疫情控制的统一部署和有关部门、地方的请求，做好疫情处理的宣传报道。宣传鼠疫防治知识，提高公众预防与保健意识。
民族宗教事务局：积极协助做好疫区应急处理中涉及民族和宗教的相关工作。
旅游局：组织旅游全行业认真做好鼠疫疫情的预防和应急处理工作。
红十字会：充分发挥志愿者作用，协助相关部门在疫区内广泛开展鼠疫预防知识宣传普及工作，提高公众的防护意识。
