主管税务机关应分行业设置收购发票最高抵扣比率预警线，对收购发票抵扣比率明显高于行业预警线或与同期、邻期相比变化异常以及抵扣税额与销售额增减变化不匹配的企业，要深入实地进行核查，发现纳税人有虚开收购发票嫌疑的，及时移交稽查部门查处。
四、依托信息化，加强农产品经销、加工行业的增值税管理
各级税务机关要把加强农产品经销、加工行业税收管理的各项措施与深入推行运用《农业产品收购业务增值税管理系统》和《增值税抵扣凭证分析监控系统》结合起来，提高管理效率。
（一）通过《农业产品收购业务增值税管理系统》，按月对农产品收购发票开具对象信息进行归集和分析，确定监管重点，开展纳税评估，遏制向非农产品生产者购进农产品开具收购发票的行为。
（二）通过《农业产品收购业务增值税管理系统》中付款方式、开票时间、开票数量、开票价格、售货人身份证异常等分析指标，监控企业是否存在虚构经营业务、虚增收购价格等虚开虚抵行为。
（三）定期从《增值税抵扣凭证分析监控系统》下载滞留增值税专用发票信息，对涉及农产品经销、加工企业的滞留票信息逐份开展核查，防止其从国有粮食购销企业和从事农产品经销业务的其他一般纳税人购进货物时不取得增值税专用发票或虽取得却不申报抵扣，而是自行开具收购发票多抵扣税款情况的发生。
（四）定期对农产品经销企业销售货物开具的普通发票信息按照购货方归集统计，购货方属本辖区管辖范围内的，主管税务机关要进行延伸核查，查看购货人是否存在属于一般纳税人应取得增值税专用发票而取得普遍发票多抵扣税款情况，不是本辖区管辖范围内的，要及时将相关信息反馈给有关税务机关。
五、建立综合分析预警机制
各级税务机关应建立上下联动的综合分析预警机制，对农产品经销加工企业销售额、应纳税额、进项税额、税负、农产品收购发票及普通发票抵扣额、抵扣比例等情况进行严格监控，实行定期分析、通报和反馈。
（一）分地区预警
省、市级税务机关应分单位测算分析所有农产品经销加工企业销售额、应纳税额、进项税额、税负、农产品收购发票及普通发票抵扣额、抵扣比例等情况，定期通报。
（二）分行业预警
省、市、县级税务机关应分行业测算出农产品经销加工企业销售额、应纳税额、进项税额、税负、农产品收购发票及普通发票抵扣额、抵扣比例等情况，确定并定期通报行业抵扣比率、行业税负预警值标准。
